Thèse soutenue

Application de l'Analyse en Composantes Principales pour étudier l'adaptation biologique en génomique des populations
FR  |  
EN
Accès à la thèse
Auteur / Autrice : Keurcien Luu
Direction : Michaël Blum
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : MBS - Modèles, méthodes et algorithmes en biologie, santé et environnement
Date : Soutenance le 21/12/2017
Etablissement(s) : Université Grenoble Alpes (ComUE)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement (Grenoble ; 1995-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Techniques de l’ingénierie médicale et de la complexité - Informatique, mathématiques et applications (Grenoble)
Jury : Président / Présidente : Olivier François
Examinateurs / Examinatrices : Hélène Badouin
Rapporteurs / Rapporteuses : Stéphane Dray, Yves Vigouroux

Résumé

FR  |  
EN

L'identification de gènes ayant permis à des populations de s'adapter à leur environnement local constitue une des problématiques majeures du domaine de la génétique des populations. Les méthodes statistiques actuelles répondant à cette problématique ne sont plus adaptées aux données de séquençage nouvelle génération (NGS). Nous proposons dans cette thèse de nouvelles statistiques adaptées à ces nouveaux volumes de données, destinées à la détection de gènes sous sélection. Nos méthodes reposent exclusivement sur l'Analyse en Composantes Principales, dont nous justifierons l'utilisation en génétique des populations. Nous expliquerons également les raisons pour lesquelles nos approches généralisent les méthodes statistiques existantes et démontrons l'intérêt d'utiliser une approche basée sur l'Analyse en Composantes Principales en comparant nos méthodes à celles de l'état de l'art. Notre travail a notamment abouti au développement de pcadapt, une librairie R permettant l'utilisation de nos statistiques de détection sur des données génétiques variées.