Modélisation du déséquilibre de liaison en génomique des populations par méthodes d'optimisation
Auteur / Autrice : | Thomas Dias Alves |
Direction : | Michaël Blum, Julien Mairal |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | MBS - Modèles, méthodes et algorithmes en biologie, santé et environnement |
Date : | Soutenance le 18/12/2017 |
Etablissement(s) : | Université Grenoble Alpes (ComUE) |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement (Grenoble ; 1995-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Techniques de l’ingénierie médicale et de la complexité - Informatique, mathématiques et applications (Grenoble) |
Jury : | Président / Présidente : Emmanuelle Génin |
Examinateurs / Examinatrices : Etienne Patin, Franck Picard, Bertrand Servin | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuelle Génin, Julien Chiquet |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Nous présentons un nouveau formalisme et des nouvelles méthodes pour modéliser le déséquilibre de liaison et tenir compte de la structure en haplotypes pour les données issues de la génomique des populations. La modélisation repose sur un problème d'optimisation avec contraintes qui est résolue avec un algorithme de programmation dynamique. Les méthodes établies ont toutes l'avantage d'avoir un coût algorithmique linéaire et donc de pouvoir traiter de grands jeux de données.Dans un premier temps, nous avons appliqué notre approche à l'étude des populations métisses et plus particulièrement au problème d'inférence des coefficients de métissage locaux.Notre méthode a été appliquée à des génotypes simulés de métissage humain ainsi qu'à des vrais génotypes obtenus dans des populations métisses de peupliers.Dans un second temps, nous avons développé notre formalisme d'optimisation pour traiter de l'inférence des haplotypes à partir des génotypes d'une population.L'ensemble de ces méthodes d'optimisation a été développé dans un module Python qui s'appelle Loter.