Cette thèse propose une approche qualitative du métabolisme urbain à partir du cas des flux de déchets au Caire (Égypte) et à Lyon (France). Il s’agit de dépasser l’impossibilité présumée de la comparaison de cas d’études a priori très éloignés (selon un axe Nord/Sud) en proposant une grille de lecture centrée sur la multiplicité des infrastructures sociales et techniques permettant la circulation et la transformation de ces matières. Elle se penche plus particulièrement sur les flux dits cataboliques permettant de décrire l’ensemble des étapes de transformations et de circulation de la matière permettant la « mort sociale des objets » entendue comme une protection hygiénique et critique à l’égard de leur dangerosité. L’analyse du déploiement des flux cataboliques à travers les milieux urbains permet ainsi de mettre en avant les formes prises par le contrôle de ces flux. Cette formalisation est ici présentée comme un arraisonnement du milieu, pensé comme une mise en ordre des milieux par des pratiques hétérogènes de codage et de surcodage. Ces notions permettent d’identifier un modèle d’urbanisation occidental pensé comme une mise en ingénierie des milieux urbains (ingénierie mésologique). Cette grille de lecture se conçoit comme un « troisième terme » permettant de faire dialoguer des cas d’étude souvent considérés incommensurables en raison d’une approche tératologique des modèles de développement urbain du Sud. Cette approche est marquée par une volonté de justice épistémologique entrant dans le cadre de la refondation postcoloniale des études urbaines et par la volonté de participer au développement de ce que Souleymane Bachir Diagne nomme un « universalisme de traduction ». À partir de ce cadre théorique sont analysés le fonctionnement et les évolutions historiques et contemporaines des pratiques d’arraisonnement gouvernementales ou non des flux cataboliques au Caire et à Lyon dans le contexte du déploiement du métabolisme capitaliste contemporain.