Emergences virales en Afrique de l’ouest, dynamique et modélisation, l’exemple des arboviroses émergentes et ré-émergentes dans l'écosystème de Kédougou, Sénégal

Viral emergence in West Africa, dynamics and modeling, the example of emerging and re-emerging arboviruses in the ecosystem of Kedougou, Senegal

• Auteur / Autrice : Abdourahmane Sow
• Direction : Denis Malvy, Anta Tal Dia
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique. Option Epidémiologie
• Date : Soutenance le 22/12/2017
• Etablissement(s) : Bordeaux en cotutelle avec Université Cheikh Anta Diop (Dakar)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Bordeaux)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Bordeaux population Health
• Jury : Président / Présidente : Xavier de Lamballerie
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Anta Tal Dia, Amadou Alpha Sall
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Patrick Gérardin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus chikungunya

Virus de la fièvre jaune

Arboviroses

Mots clés libres

Emergence

Arbovirus

Modelisation

Kedougou

Emergence

Arbovirus

Modeling

Kedougou

Résumé

Au Sénégal, la région de Kédougou située au sud-est du pays est considérée comme une zone sentinelle d’endémie pour les arbovirus. Le modèle en est représenté par le virus de la Fièvre jaune (VFJ) qui circule à bas bruit avec des amplifications périodiques tous les 4 à 6 ans. Cependant, peu de données sont à ce jour produites sur les déterminants de la dynamique d'émergence des arboviroses d’importance humaine dans la région. Ainsi, la région de Kédougou a été marquée depuis le début des années 2000 par un développement socio-économique et démographique remarquable qui compte parmi les facteurs anthropiques susceptibles de modifier la diffusion des arboviroses dans la région. Notre travail de recherche a évalué la dynamique des arboviroses émergentes et ré-émergentes dans l’écosystème de Kédougou. Pour ce faire, nous avons mis en place un système de surveillance multidisciplinaire (épidémiologique, entomologique et virologique), réalisé une étude de séroprévalence de l’infection par l’arbovirus Chikungunya (CHIKV) et produit une analyse par modélisations afin d’identifier les facteurs environnementaux et anthropiques liés à la dynamique des émergences arbovirales dans la région. Ce système de surveillance sentinelle a permis la détection d’amplifications du cycle selvatique du CHIKV et VFJ en 2009 et 2011, avec la circulation de ces deux virus chez l’homme (notamment 20 cas de Chikungunya en 2009 et 13 cas confirmés et 10 cas probables de fièvre jaune en 2011). L’adaptation au contexte domestique du moustique vecteur Aedes aegypti, l’urbanisation non contrôlée, la migration massive des populations ainsi que le mouvement des troupeaux de bétails ont été retrouvés comme facteurs pouvant contribuer à l’émergence et à la propagation des arbovirus au Sénégal et dans la région de Kédougou ainsi que dans le reste du Sénégal. Ce modèle d’observatoire multidisciplinaire associé aux outils de modélisation, au système d’information géographique et au développement de l’épidémiologie moléculaire et de la génomique devrait être étendu à d’autres pays de la région d’Afrique de l’Ouest pour renforcer la surveillance et anticiper l’émergence des épidémies en permettant la mise en place de stratégies de prévention et de contrôle pragmatiques et évolutives.

Located in southeastern Senegal, the Kedougou region is considered as an endemic zone for arboviruses with periodic amplifications every 4 to 6 years, as foreseen for the dynamic of the infection by the yellow fever virus (YFV). However, few data are available on the human specific circulation concern for arboviruses in humans in the region. In addition, the Kedougou region has been marked since the early 2000’s by a considerable socio-economic and demographic development that is to be addressed for changing the spreading of arboviruses with human concern in the area. Our research aimed to assess the dynamic of the circulation of emerging and re-emerging arboviruses in the ecosystem of Kedougou, southeastern Senegal, located close to the border of Mali and Guinea. Hence, we have set up a multidisciplinary (epidemiological, entomological and virological) sentinel surveillance system, carried out a CHIKV seroprevalence study and finally carried out modeling studies in to identify environmental determinants related to the emergence of arboviruses in the region. This system has detected an amplification of CHIKV and YFV sylvatic cycle respectively in 2009 and 2011 associated with a human circulation of these viruses with 20 identified cases of Chikungunya in 2009 and 13 confirmed and 10 probable cases of yellow fever in 2011. Concurrently, adaptation to the domestic context of the Aedes aegypti mosquito competent vector, uncontrolled urbanization, massive migration of populations as well as the movement of livestock have been found as potential factors contributing to the emergence and spreading of arboviruses. This multidisciplinary observatory model combined with mathematical modeling tools, geographic information system and the development of molecular epidemiology and genomics should be extended to other West African countries to strengthen the arboviruses surveillance and anticipate the emergence of epidemics through the implementation of prevention and effective control strategies.