Hétérogénéité génétique des lyssavirus comme mécanisme d'adaptation à un hôte réservoir et contribution au franchissement de la barrière d'espèce

Utilisation of next generation sequencing to characterise novel lyssaviruses, improve phylogenetic inferences and investigate cross species transmission events

• Auteur / Autrice : Denise Marston
• Direction : Xavier de Lamballerie, Anthony Fooks, Lorraine McElhinney
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 17/11/2017
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité des virus émergents (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Noël Tordo
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Noël Tordo, Jan Felix Drexler
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jan Felix Drexler

Mots clés

Mots clés contrôlés

Éradication de maladie

Zoonoses

transmission

Rage (maladie)

Variation génétique

Virus de la rage

Infections à Rhabdoviridae

isolement et purification

Lyssavirus

Mots clés libres

Lyssavirus

Virus de la rage

Cross-species transmission

Lyssavirus

Rabies virus

Résumé

Les virus zoonotiques sont une menace pour les humains à cause de leur capacité à passer des réservoirs animaux à l'homme. La rage est provoquée par un virus zoonotique (Virus de la Rage) qui a de multiples réservoirs animaux. La rage est contractée lors de la morsure par un animal infecté et est incurable et létale après l'apparition des premiers symptômes. Un défi visant à éradiquer la rage chez les chiens à l'horizon 2030 a été proposé. Il imposera de stopper la transmission du virus aux populations de chiens à partir des autres réservoirs animaux. Pour cela, il est essentiel de comprendre les mécanismes de transmission entre hôtes potentiels du virus. Dans notre thèse, nous faisons l'hypothèse que le passage d'un hôte à un autre est lié à la diversité des populations virales chez un hôte donné, appelée "hétérogénéité virale".Pour étudier cette hétérogénéité virale, des méthodes de séquençage des populations virales ont été développées. La transmission du virus de la rage entre chiens a été analysée et un évènement de transmission entre chien et renard a été étudié. Une plus importante hétérogénéité virale a été observée chez le renard après sa contamination par le chien en comparaison avec d'autres renards infectés par des congénères de la même espèce. Ceci suggère que l'hétérogénéité virale est importante dans le phénomène de transmission inter-espèce. Ces résultats sont importants pour améliorer notre compréhension de l'évolution du virus de la rage chez un nouvel hôte et pourront aider les efforts d'éradication de la maladie.

Zoonotic viruses are a threat to humans, jumping from animal reservoirs into humans. Rabies is caused by rabies virus (RABV), a zoonotic virus, with many animal reservoirs. Rabies is contracted from a bite of infected animal and once symptoms appear, death is inevitable. A challenging target date of 2030 to eliminate rabies in dogs has been set. One challenge will be stopping RABV re-entering the dog population from other animal reservoirs. Understanding how RABV switches hosts is important to prevent it happening. In this thesis, I hypothesise that successful host switching is due to the diverse population of viruses within the host termed ‘viral heterogeneity’. To investigate viral heterogeneity, methods to sequence the virus populations within clinical samples were developed. Transmission of RABV within dogs was analysed and a host shift event from dogs to foxes was investigated. High viral heterogeneity was seen in foxes after the host shift than in other foxes, suggesting it is important for a successful host shift. These data will be important to improve our understanding of how viruses evolve in new hosts, helping governments to eradicate disease.