Génomique des virus "géants", des virophages, et échanges génétiques avec leur hôtes eucaryotes
Auteur / Autrice : | Lucie Gallot-Lavallée |
Direction : | Jean-Michel Claverie, Guillaume Blanc |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Génomique et Bioinformatique |
Date : | Soutenance le 07/11/2017 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
Ecole(s) doctorale(s) : | École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut de Microbiologie de la Méditerranée (Marseille) - Laboratoire de génétique médicale et génomique fonctionnelle (Marseille ; 2008-....) |
Jury : | Président / Présidente : Christophe Robaglia |
Examinateurs / Examinatrices : Gwenaël Piganeau | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Elisabeth Herniou, Marie-Agnès Petit |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Les NCLDVs forment un groupe très divers de virus à ADN double brin infectant exclusivement des eucaryotes. Certains de ces virus sont parasités par d’autres virus plus petits, les virophages. La compréhension de l’évolution, la biodiversité et des interactions hôte/NCLDVs/virophage est un des grands chantiers de la virologie. A l’aide d’approches génomiques et bioinformatiques, deux objectifs ont été poursuivis: (1) Caractériser la biodiversité et l’évolution au sein de la famille taxonomique des Mimiviridae (NCLDV) à travers la description et l’analyse comparative du génome du virus « CeV » qui infecte l’algue H. ericina; (2) Caractériser la coévolution (les échanges génomiques) des NCLDVs et des virophages avec leurs hôtes eucaryotes.L’analyse du génome de CeV a confirmé qu'il est apparenté aux virus de la famille des Mimiviridae, initialement définie autour des virus géant prototypes Mimivirus et Megavirus infectant des amibes. CeV et d’autres Mimiviridae infectant aussi des algues unicellulaires forment un sous-groupe que nous proposons d’élever au rang d’une sous-famille, les Mesomimivirinae.Des fragments d’ADNs originant de NCLDVs ou de virophages sont intégrés au sein des génomes de nombreux eucaryotes. Leur analyse a permis d’élargir le spectre d’hôtes connus des NCLDVs et suggèrent l’existence de nouvelles familles virales. Des copies de génomes de virophages intégrées au génome de l’algue B. natans suggèrent une nouvelle stratégie de co-infection et de dissémination du virophage, qui pourrait aussi constituer un mécanisme de défense contre les NCLDVs pour l’hôte eucaryote.