Réparation des cassures double-brin de l'Adn : une perspective en molécule unique

A single molecule perspective on DNA double-strand break repair mechanisms

• Auteur / Autrice : Hongshan Zhang
• Direction : Mauro Modesti
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biochimie structurale
• Date : Soutenance le 24/07/2017
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) - Laboratoire d'immunologie des cancers (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : James N. Sturgis
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Erwin J. G. Peterman
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marcelo Nollmann, Marie-Agnès Petit

Mots clés

Mots clés contrôlés

ADN -- Altération

Nucléoprotéines

Microscopie de fluorescence

ADN recombiné

Virus à ADN bicaténaire

Mots clés libres

Méthodes de molécule unique

Cassures double brin de l'ADN

Jonction d’extrémités non-Homologues

Réparation par recombinaison

Single molecule techniques

DNA double-Strand breaks

Non-Homologous End Joining

Recombinational repair

Résumé

Les cassures double brin de l'ADN altèrent l'intégrité physique du chromosome et constituent l'un des types les plus sévères de dommages à l'ADN. Pour préserver l'intégrité du génome contre les effets potentiellement néfastes des cassures double brin de l'ADN, les cellules humaines ont développé plusieurs mécanismes de réparation, dont la réparation par recombinaison de l'ADN et la jonction d'extrémités non-homologues (NHEJ), catalysés par des enzymes spécifiques. Pendant ma thèse, nous avons caractérisé la dynamique de certaines des interactions protéines/ADN impliquées dans ces mécanismes au niveau de la molécule unique. Dans ce but, nous avons combiné des pinces optiques et de la micro-fluidique avec de la microscopie de fluorescence à champ large afin de manipuler une ou deux molécules d'ADN individuelles et d'observer directement les protéines de la réparation marquées par fluorescence agissant sur l'ADN. Nous avons concentré notre analyse sur trois protéines/complexes essentiels impliqués dans la réparation de l'ADN: (i) la protéine humaine d’appariement de brin RAD52, (ii) les protéines humaines XRCC4, XLF et le complexe XRCC4/Ligase IV de la NHEJ et (iii) le complexe humain MRE11/RAD50/NBS1.

DNA double-strand breaks disrupt the physical continuity of the chromosome and are one of the most severe types of DNA damage. To preserve genome integrity against the potentially deleterious effects of DNA double-strand breaks, human cells have evolved several repair mechanisms including DNA recombinational repair and Non-Homologous End Joining (NHEJ), each catalyzed by specific enzymes. In this thesis we aimed at unraveling the dynamics of protein/DNA transactions involved in DNA double-strand break repair mechanisms at single molecule level. To do this, we combined optical tweezers and microfluidics with wide-field fluorescence microscopy, which allowed us to manipulate individual DNA molecules while directly visualize fluorescently-labeled DNA repair proteins acting on them. We focused the study on three crucial proteins/complexes involved in DNA repair: (i) the human DNA annealing protein RAD52, (ii) the non-homologous end joining human proteins XRCC4 and XLF and the complex XRCC4/Ligase IV, and (iii) the human MRE11/RAD50/NBS1 complex.