Organismes associés à l'infection des amibes

Organisms associated with amoebae infection

• Auteur / Autrice : Leena Bajrai
• Direction : Bernard La Scola, Philippe Colson
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 13/03/2017
• Etablissement(s) : Aix-Marseille en cotutelle avec King Abdulaziz university
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Philippe Colson
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Colson, Patrice Morand, Jean-Philippe Lavigne
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Patrice Morand, Jean-Philippe Lavigne

Mots clés

Mots clés contrôlés

ADN viral

Dictyostelium

Amoeba

Arabie saoudite

Legionella

Eaux usées

Virus non classés

classification

Virus géants

Mots clés libres

Amibes

Viruses géants

Dictyostelium discoideum

Vermamoebavermiformis

Acanthamoeba polyphaga

Phylogénie de l'ADN virale.

Amoebae

Giant viruses

Dictyostelium discoideum

Vermamoeba vermiformis

Acanthamoeba polyphaga

DNA virus phylogeny.

Résumé

Cette thèse présente nouveaux organismes trouvés dans d'échantillons d'eaux usées proviennent la zone sud de Jeddah, en Arabie Saoudite. Legionella saoudiensis, Kaumoebavirus, moumouvirus saoudien (SDMV), Yasminevirus et Bunga messiliensis qui sont isolés par une méthode de co-culture amibienne d'infection par Dictyostelium discoideum ATCC 44841, Vermamoeba vermiformis CDC-19, Acanthamoeba polyphaga Linc AP-1 , et Acanthamoeba griffinii, respectivement. Legionella saoudiensis, une souche bactérienne Gram-négative, en forme de bacille, LS-1T appartient au genre Legionella de la famille des Legionellaceae, basée sur des séquences de gène 16S rRNA et d'autres 4 gènes (mip, rpoB, rnpB et 23S-5S). D'une part, le KAUmoebavirus a des capsides icosaédriques de ~ 250 nm-large, un génome d'ADN de 350 731 pb, et une densité de codage de 86%, correspondant à 465 gènes. La plupart de ces gènes (59%) sont étroitement liés aux gènes de Faustoviruses (43%) et Asfarviruses (23%). D'autre part, le moumouvirus saoudien est un nouveau virus géant appartenant à la lignée Mimivirus B, de l'hôpital universitaire King Abdulaziz à Djeddah, et a présenté des particules icosaédriques de 500 nm avec un génome de 1 046 087 pb, plus grand que les génomes moumouvirus qui ont été décrites dans le passé. Il a été prédit que son génome code pour 868 ORF, dont la taille varie de 54 à 2 914 acides aminés. En outre, il code pour 40 nouveaux gènes (ORFans) sans similitude avec d'autres séquences. Ces résultats montrent que la dispositiond’une carte élargie des protistes conduit à découvrir de nouveaux virus géants.

This thesis displays novel organisms that are found in sewage water samples from southern area of Jeddah, Saudi Arabia. These organisms are Legionella saoudiensis, Kaumoebavirus, Saudi moumouvirus (SDMV), Yasminevirus, and Bung messiliensis that are isolated by amoebal co-culture method of infection with Dictyostelium discoideum ATCC 44841, Vermamoeba vermiformis CDC-19, Acanthamoeba polyphaga Linc AP-1, and Acanthamoeba griffinii, respectively. Legionella saoudiensis, a Gram-negative, bacilli shaped bacterial strain, LS-1T belongs to the genus Legionella in the family Legionellaceae based on 16S rRNA gene sequences and other 4 genes (mip, rpoB, rnpB, and 23S-5S). On one hand, KAUmoebavirus has ~250-nm-large icosahedral capsids, a 350,731 bp DNA genome, and a coding density of 86%, corresponding to 465 genes. Most of these genes (59%) are closely related to genes from Faustoviruses (43%) and Asfarviruses (23%). On the other hand, Saudi moumouvirus is a new giant virus belonging to Mimivirus lineage B, from the King Abdulaziz University hospital in Jeddah, and presented 500 nm icosahedral particles with a 1,046,087 bp genome, which is larger than moumouvirus-like genomes which have been described in the past. Its genome was predicted to encode 868 ORFs, ranging in size from 54 to 2,914 amino acids. Furthermore, this genome was predicted to encode 40 new genes (ORFans) without similarity with other sequences. These findings show that the widen chart of protists apply lead to discover new giant viruses.