L’archipel des Comores héberge une diversité biologique exceptionnelle avec un taux d’endémisme élevé au sein de chaque groupe taxonomique. Cette richesse fait cependant face aux effets alarmants de la perte d’habitats naturels et de leur fragmentation causées par les pressions anthropiques mal planifiées. Les mammifères sauvages sont parmi la faune la plus touchée par la perte d’habitats dans ces îles. Ces espèces sont souvent caractérisées par des tailles de populations faibles qui les rendent sensibles aux perturbations. De plus, ces petites tailles de populations peuvent amplifier les menaces à travers des mécanismes de consanguinités et/ou d’effet Allee, ce qui conduit à la réduction de leur potentiel évolutive et de leur viabilité dans le long terme. Pour mieux appréhender l’effet des actions anthropiques sur la faune des Comores, j’ai étudié deux Mégachiroptères endémiques et menacées d’extinction des Comores (Pteropus livingstonii dont la taille de la population est estimée à 1300 individus et P. seychellensis comorensis dont la taille de la population est estimée à plusieurs milliers d’individus). Je me suis appuyé sur des approches génétiques, d’écologie spatiale, de démographie mais aussi sur une étude socio-économique. Une telle approche intégrée est cruciale pour identifier les causes des déclins et proposer des mesures de conservation efficaces. Dans le premier volet de ma thèse, j’ai modélisé l’utilisation de l’espace par les deux espèces ainsi que leur distribution géographique à travers des modèles de niches, plus spécifiquement la méthode de « Species Distribution Modeling » à travers l’approche « Ensemble of Small Models » spécifiquement adaptés aux espèces rares. Ce premier axe m’a permis de déterminer quelles sont les variables écologiques et/ou les pressions anthropiques qui déterminent la distribution des deux espèces dans l’archipel. Cela m’a permis aussi de caractériser le degré de menace subi par ces deux espèces. Dans le deuxième volet de ma thèse, j’ai étudié la diversité génétique et la structuration des populations des deux espèces entre les quatre îles des Comores afin de détecter d’éventuels ruptures des flux géniques entre les différentes populations d’une même espèce et d’identifier les populations à risque d’extinction. Cette étude montre que les deux espèces, pourtant proches phylogénétiquement et morphologiquement, ne présentent pas du tout le même patron de structuration des populations. Dans un troisième volet, j’ai exploré la faisabilité et le coût de la mise en place d’un éventuel suivi individuel à long terme des paramètres démographiques des populations de P. livingstonii à travers un échantillonnage non-invasif combiné à l’approche capture-marquage-recapture (NIGS-CMR). En effet, la sensibilité à la capture et le degré de menace sur cette espèce ne permettent pas d’adopter les méthodes traditionnelles de suivi basées sur la capture physique et le marquage des individus. Cet axe montre que l’approche NIGS-CMR est réaliste mais induit des coûts qui paraissent peu compatibles avec les budgets disponibles pour le moment pour la conservation et le suivi de cette espèce aux Comores. Enfin, dans un quatrième volet, j’ai caractérisé les pressions anthropiques subies par ces populations en lien avec les caractéristiques socio-économiques de l’archipel (exploitation des forêts, pressions de chasse…) et cela à travers des interviews classiques et d’un dispositif original d’étude sociologique (Q-sort). Ces approches permettent de mieux comprendre quelles représentations ont les populations locales de ces espèces afin de mieux interpréter l’évolution de la forêt naturelle et prédire son avenir. Dans une dernière partie je mets en regard les résultats des différentes approches complémentaires pour discuter d’un plan de gestion et de conservation approprié pour ces espèces à fortes valeurs patrimoniales.