Etude phénotypique et génotypique de la résistance à la clarithromycine chez Mycobacterium abscessus, de la caractérisation des isolats à la thérapeutique

= Phenotypic and genotypic study of clarithromycin resistance in Mycobacterium abscessus, characterization of isolates to therapy

• Auteur / Autrice : Faïza Mougari
• Direction : Emmanuelle Cambau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Infectiologie
• Date : Soutenance en 2016
• Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université Paris Diderot - Paris 7 (1970-2019)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Typage moléculaire

Profilage d'ADN

Amikacine

Clarithromycine

Mycobactéries atypiques

Résistance aux antibiotiques

Mycobacterium abscessus

Mots clés libres

Gène erm (41)

Résistance phénotypique

Résistance génotypique

Résumé

Nous avons réalisé l'étude de la résistance à la clarithromycine chez Mycobacterium abscessus. Cette mycobactérie est responsable d'infections pulmonaires chroniques, en particulier chez les patients atteints de mucoviscidose, et d'infections extra-pulmonaires le plus souvent iatrogènes. M abscessus est très résistant aux antibiotiques et le traitement efficace n'est pas encore connu. Après avoir synthétisé les données de la littérature sur les mycobactéries non tuberculeuses dont M abscessus Nous avons étudié le génotypage de M abscessus par REP-PCR standardisée DiversiLab® et montré que les malades étaient infectés par des souches différentes mais qu'un malade atteint de mucoviscidose conservait la même souche au cours du temps. L'étude par spectrométrie de masse MALDI-TOF a permis de distinguer les sous-espèces de M abscessus. Nous avons étudié la résistance à la clarithromycine chez M abscessus avec deux approches: l'une descriptive sur des souches cliniques (nous y avons ajouté l'étude de la résistance aux autres antibiotiques dont l'amikacine), l'autre expérimentale par sélection de mutants in vitro. Nous avons pu décrire de nouveau, mécanismes de résistance. La majorité des mutants et des souches cliniques résistantes à la clarithromycine avaient des mutations de l'ARNr 23S ou des protéines ribosomales. La résistance naturelle ou inductible était due au polymorphisme du gène erm(41). Ces données nous ont permis de développer un prototype de test moléculaire diagnostique (collaboration avec Hain LifeScience, GenoType NTM-DR). Nous avons évalué ce test avec des résultats de performance très satisfaisants.

This work focuses on phenotypic and genotypic characterization of clarithromycin resistance in Mycobacterium abscessus. This nontuberculous mycobacteria is causing infections in patients with chronic lung diseases, especially cystic fibrosis, and extra-respiratory diseases usually in a iatrogenic context. M abscessus is extremely resistant to most available antibiotics with no standard effective treatment so far. First, we reviewed current literature for nontuberculous mycobacteria and M abscessus infections. We studied M abscessus genotyping by a semi-automated REP-PCR DiversiLab® and showed that each patient is infected by a different strain but a cystic fibrosis patient is infected by the same strain over time. MALDI-TOF mass spectrometry (MS) study permits to distinguish subspecies of M abscessus. We studied clarithromycin resistance mechanisms for M abscessus with two approaches: one descriptive including clinical strains (we studied also resistance to other antibiotics especially amikacin, second important antibiotic), the other done through in vitro mutant selection. We described new resistance mechanisms. The majority of mutants and resistant clinical strains had mutations of 23S rRNA or in ribosomal proteins. Natural inducible resistance was due to erm(41) gene polymorphism. Knowledge of resistance mechanisms to clarithromycin and amikacin allowed us to develop a molecular diagnostic test prototype, with Hain LifeScience (GenoType NTM-DR). The clinical evaluation in our laboratory gave highly satisfactory results. This test is now commercially available. We have developed new tools for diagnosis and epidemiological surveillance of M abscessus infection.