Paléogénomique des bovinés & domestication

Bovid Paleogenomics and Domestication

• Auteur / Autrice : Diyendo Massilani
• Direction : Thierry Grange, Eva-Maria Geigl
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génomes épigénomes, destin cellulaire
• Date : Soutenance en 2016
• Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université Paris Diderot - Paris 7 (1970-2019)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Phylogénie moléculaire

Bovinés

Élevage préhistorique

ADN mitochondrial

ADN fossile

Mots clés libres

Paleogénomique

Mitogénome

Résumé

Les genres Bos et Bison incluent plusieurs lignées de bovins qui rassemblent des espèces domestiques et sauvages dont le plus récent ancêtre commun aurait divergé au Pléistocène inférieur. Afin de reconstruire l'histoire évolutive de ces genres, nous avons mis en place une approche de paléogénomique qui consiste à séquencer l'ADN ancien extrait de restes fossiles de ces différentes lignées bovines, dans le but de reconstruire les séquences génomiques de spécimens du Pléistocène et de l'Holocène. Notre approche a permis la reconstruction de 33 génome mitochondriaux anciens de Bison et de Bos. Une phylogénie mitochondriale des Bovina rassemblant nos anciens génomes et 350 mitogénomes anciens et modernes a permis d'explorer sous un nouvel angle l'histoire évolutive des lignées maternelles de ce clade. Nos résultats montrent une succéssion de vagues de contraction, d'expansion, d'extinction, de migration et de remplacement des différentes populations bovines au cours des 50 000 dernières années.

The Bos and Bison genera encompass closely related species, in particular bison, domestic and wild cattle. This group underwent a diversification during the EarlyPleistocene. To trace back the evolutionary processes that lead to the extant Bos and Bison species and to reconstruct ancient genomes, we optimized a paleogenomics approach from fossil remains. To perform efficient and high quality paleogenomic studies, it is important to adapt standard molecular biology protocols to suit the specific need of ancient DNA. Our approach allow us to reconstruct 33 mitogenomes of ancient Bos and Bison. A phylogenetic tree containing 350 ancients and modern Bos and Bison mitogenomes still reveals the polyphyletic structure of the tree but ancient sequences allow for a novel and accurate dating of the various nodes of this tree. Our results show several waves of contraction, expansion, extinction, migration and population replacement of bovids population over the last 50 000 years.