Thèse soutenue

Etude thermodynamique de l'initiation de la traduction et de l'élongation chez Escherichia coli
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Auteur / Autrice : Benoît Meyer
Direction : Éric EnnifarPhilippe Dumas
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biophysique et biologie structurale
Date : Soutenance le 26/09/2016
Etablissement(s) : Strasbourg
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg)
Jury : Président / Présidente : Yves Mechulam
Examinateurs / Examinatrices : Éric Ennifar, Philippe Dumas, Yves Mechulam, Reynald Gillet, Gulnara Yusupova, Axel Innis
Rapporteurs / Rapporteuses : Yves Mechulam, Reynald Gillet

Résumé

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La traduction est un processus itératif réalisé par le ribosome. Chez Escherichia coli, le ribosome est composé d’une grande sous-unité 50S et d’une petite sous-unité 30S (S correspondant au coefficient de sédimentation). La traduction débute par la mise en place d’une interaction entre le codon d’initiation de l’ARNm et l’anticodon de l’ARNt initiateur. Cette interaction, finement régulée par les facteurs d’initiations IF1, IF2 et IF3, conduit à la formation du complexe d’initiation 30S (30SIC). Par titration calorimétrique isotherme (ITC), nous avons disséqué la thermodynamique de l’ensemble des voies possibles de formation du 30SIC. Sur la base des affinités mesurées, il a été possible d’en déduire un ordre d’assemblage préférentiel. Par cryo-microscopie électronique, nous avons ensuite essayé d’obtenir la structure de ce complexe à haute résolution. La fixation du 50S représente la dernière étape de l’initiation. Par ITC, nous avons cherché à en déterminer les paramètres thermodynamiques, puis nous avons poursuivi avec l’élongation en commençant par étudier l’incorporation d’un aminoacyl-ARNt. Enfin, la réalisation d’une étude comparative par ITC de trois antibiotiques capables de se fixer au tunnel de sortie du peptide, nous a permis d’identifier les forces moléculaires mises en jeu lors de leur interaction avec le ribosome.