Thèse soutenue

Méthodes avancées de raisonnement en logique propositionnelle : application aux réseaux métaboliques
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Auteur / Autrice : Martin Morterol
Direction : Philippe Dague
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Informatique
Date : Soutenance le 13/12/2016
Etablissement(s) : Université Paris-Saclay (ComUE)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences et technologies de l'information et de la communication (Orsay, Essonne ; 2015-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de recherche en informatique (Orsay, Essonne ; 1998-2020)
établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019)
Jury : Président / Présidente : Sylvain Conchon
Examinateurs / Examinatrices : Philippe Dague, Sylvain Conchon, Anne Siegel, Marie Beurton-Aimar, Sabine Pérès, Céline Rouveirol
Rapporteurs / Rapporteuses : Anne Siegel, Marie Beurton-Aimar

Mots clés

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Résumé

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La thèse s'intéresse à l'application et l'extension des méthodes SAT et SMT pour la biologie des systèmes. Plus particulièrement sont visées les problématiques issues de l'étude des réseaux métaboliques. L'état de l'art dans l'étude des réseaux métaboliques utilise de la programmation linéaire qui est extrêmement efficace pour lister toutes les solutions. Afin de pouvoir concurrencer la programmation linéaire nous nous orientons non pas vers l'énumération de toutes les voies mais vers l'énumération de voies satisfaisant des contraintes spécifiées par l'utilisateur. L'utilisation de SMT et les contraintes supplémentaires nous permettent d'utiliser des optimisations inaccessibles à la programmation linéaire.