Étude de la variabilité inter-individuelle du transcriptome soumis à un stimulus
Auteur / Autrice : | Nicolas Derian |
Direction : | Adrien Six, Éric Vicaut |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie des Systèmes |
Date : | Soutenance le 21/09/2016 |
Etablissement(s) : | Paris 6 |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Complexité du vivant (Paris ; 2009-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Immunologie, immunopathologie, immunothérapie (Paris ; 2009-....) |
Jury : | Président / Présidente : Philippe Seksik |
Examinateurs / Examinatrices : Thomas Derrien | |
Rapporteur / Rapporteuse : Pierre Boudinot, Vassili Soumelis |
Mots clés
Résumé
Ce travail de thèse concerne l’étude de la variabilité inter-individuelle du transcriptome soumis à un stimulus. Cette variabilité n’est pas homogène au sein même du transcriptome et varie suite aux perturbations extérieures.Nous avons mis en place une stratégie d’analyse de la variabilité inter-individuelle sur la base des indices de diversité. Nous avons sélectionné trois jeux de données ayant des caractéristiques particulières (stimulus fort, faible, cinétique, données appariées, …). Ces indices nous permettent de mettre en évidence les différences entre les individus; certains ayant des transcriptomes plus divers que d’autre. Ces différences s’attenues après l’application d’un stimulus au système : La variabilité de la diversité diminue. Nous mesurons cette diminution à l’aide d’une mesure de la similarité. Les résultats indiquent un phénomène global. Nous avons par la suite analysé les données sous le regard d’un indice de spécialisation. Les différences entre groupes témoins et groupes sous l’action d’un stimulus indiquent que la spécialisation diminue de manière significative après l’action du stimulus.Les informations obtenues sont différentes de celles obtenues par les stratégies d’analyses statistiques classiques. Nos travaux montrent enfin que ces outils permettent d’établir de nouvelles hypothèses. Ces indices, utilisés pour la première fois pour ce type d’analyse, ouvrent ainsi la voie à un nouvel arsenal d’outils d’analyse pour la compréhension des modifications transcriptomiques globales mais aussi individuelles et s’inscrit donc parfaitement dans le mouvement de la médecine personnalisée.