Analyse du comportement mémoire d'applications parallèles de calcul scientifique

Analyzing the memory behavior of parallel scientific applications

• Auteur / Autrice : David Beniamine
• Direction : Bruno Raffin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 05/12/2016
• Etablissement(s) : Université Grenoble Alpes (ComUE)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale mathématiques, sciences et technologies de l'information, informatique (Grenoble ; 199.-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire d'informatique de Grenoble
• Jury : Président / Présidente : Martin Quinson
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Guillaume Huard, Lucas Mello Schnorr
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Raymond Namyst, Jesus Labarta Mancho

Mots clés

Mots clés contrôlés

NUMA (informatique)

Mots clés libres

Analyse de performances

Calcul scientifique

Calcul parallèle

Performance analysis

Scientific computing

Parallel computing

Résumé

Depuis plusieurs décennies, afin de réduire la consommation énergétique des processeurs, les constructeurs fabriquent des ordinateurs de plus en plus parallèles.Dans le même temps, l'écart de fréquence entre les processeurs et la mémoire a significativement augmenté.Pour compenser cet écart, les processeurs modernes embarquent une hiérarchie de caches complexe.Développer un programme efficace sur de telles machines est une tâche complexe.Par conséquent, l'analyse de performance est devenue une étape majeure lors du développement d'applications requérant des performances.La plupart des outils d'analyse de performances se concentrent sur le point de vue du processeur.Ces outils voient la mémoire comme une entité monolithique et sont donc incapable de comprendre comment elle est accédée.Cependant, la mémoire est une ressource critique et les schémas d'accès à cette dernière peuvent impacter les performances de manière significative.Quelques outils permettant l'analyse de performances mémoire existent, cependant ils sont basé sur un échantillon age à large grain.Par conséquent, ces outils se concentrent sur une petite partie de l’Exécution et manquent le comportement global de l'application.De plus, l'échantillonnage à large granularité ne permet pas de collecter des schémas d'accès.Dans cette thèse, nous proposons deux outils différences pour analyser le comportement mémoire d'une application.Le premier outil est conçu spécifiquement pour pour les machines NUMA (Not Uniform Memory Accesses) et fournit plusieurs visualisations du schéma global de partage de chaque structure de données entre les flux d’ExécutionLe deuxième outil collecte des traces mémoires a grain fin avec information temporelles.Nous proposons de visualiser ces traces soit à l'aide d'un outil générique de gestion de traces soit en utilisant une approche programmatique basé sur R.De plus nous évaluons ces deux outils en les comparant a des outils existant de trace mémoire en terme de performances, précision et de complétude.

Since a few decades, to reduce energy consumption, processor vendors builds more and more parallel computers.At the same time, the gap between processors and memory frequency increased significantly.To mitigate this gap, processors embed a complex hierarchical caches architectureWriting efficient code for such computers is a complex task.Therefore, performance analysis has became an important step of the development of applications seeking for performances.Most existing performance analysis tools focuses on the point of view of the processor.Theses tools see the main memory as a monolithic entity and thus are not able to understand how it is accessed.However, memory is a common bottleneck in High Performances Computing, and the pattern of memory accesses can impact significantly the performances.There are a few tools to analyze memory performances, however theses tools are based on a coarse grain sampling.Consequently, they focus on a small part of the execution missing the global memory behavior.Furthermore, these coarse grain sampling are not able to collect memory accesses patterns.In this thesis we propose two different tools to analyze the memory behavior of an application.The first tool is designed specifically for Not Uniform Memory Accesses machines and provides some visualizations of the global sharing pattern inside each data structure between the threads.The second one collects fine grain memory traces with temporal information.We can visualize theses traces either with a generic trace management framework or with a programmatic exploration using R.Furthermore we evaluate both of these tools, comparing them with state of the art memory analysis tools in terms of performances, precision and completeness.