Adaptation et Antibiotiques chez Enterococcus faecium
Auteur / Autrice : | Clara Sinel |
Direction : | Vincent Cattoir |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Aspects molléculaires et cellulaires de la biologie |
Date : | Soutenance en 2016 |
Etablissement(s) : | Caen |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut de biologie fondamentale et appliquée (Caen) |
autre partenaire : Normandie Université (2015-....) | |
Jury : | Président / Présidente : Brice Felden |
Examinateurs / Examinatrices : Vincent Cattoir, Brice Felden, Pascale Serror, Frédéric Laurent , Jean-Christophe Giard | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Pascale Serror, Frédéric Laurent |
Résumé
Cette étude correspond à une approche originale pour l’identification de facteurs impliqués dans la résistance aux antibiotiques et l’adaptation au stress antibiotique chez E. Faecium. Nous avons utilisé la souche E. Faecium Aus0004 appartenant au CC17. Par analyse génomique comparative de mutants isogéniques résistants à la daptomycine, deux nouvelles mutations apparaissant séquentiellement ont été identifiées dans les gènes cls et liaS. L’implication de ces gènes dans la résistance à la daptomycine a été confirmée expérimentalement. Cette résistance s’est avérée instable en absence de pression de sélection antibiotique par insertion d’IS inactivant l’opéron liaFSR. La détermination des CPM et FSM à la daptomycine d’une collection de 10 souches représentatives de E. Faecium a permis de mettre en évidence que les doses de daptomycine recommandées (4-6 mg/kg) seraient à risque pour la sélection de sous-populations résistantes. En parallèle, la technique du RNA-seq nous a permis d’étudier l’impact physiologique de concentration subinhibitrice (CSI) de ciprofloxacine, antibiotique très utilisé en clinique, avec la mise en évidence de l’induction significative de l’expression : i) du gène Efmqnr démontré comme impliqué dans la résistance intrinsèque aux fluoroquinolones chez E. Faecium ii) d’un gène acm, codant pour une adhésine majeure d’E. Faecium, avec une augmentation des capacités d’adhésion au collagène. Ce phénomène d’hyper-adhérence a aussi été observé au cours de l'étude de la réponse d’E. Faecium à des CSI de daptomycine. Ce dernier travail a permis de caractériser les premiers petits ARN régulateurs potentiellement impliqués dans la réponse au stress antibiotique.