Epidémiologie moléculaire des virus dans les voies respiratoires et association avec les signes cliniques d’asthme équin modéré

Molecular epidemiology of respiratory viruses and association with clinical signs of mild equine asthma

• Auteur / Autrice : Nadia Doubli-Bounoua
• Direction : Guillaume Fortier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance en 2016
• Etablissement(s) : Caen
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Labéo
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Normandie Université (2015-....)
• Jury : Président / Présidente : Anne Couroucé
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Guillaume Fortier, Anne Couroucé, Sylvie Lecollinet, Alain Rincé
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Anne Couroucé, Sylvie Lecollinet

Mots clés

Mots clés contrôlés

Mucus

Toux

Mots clés libres

Virus de la rhinite équine B

Réaction de la polymérisation en chaines quantitative

Lavage trachéal

Asthme équin modéré

Incidences

Herpesvirus équin 2

Résumé

Les virus (Influenza virus équin (EIV), α-herpèsvirus (EHV-1 & EHV-4), Virus de la rhinite équine A et B (ERAV & ERBV), Adénovirus équin 1 et 2 (EAdV1 & EAdV2), γ-herpèsvirus (EHV-2 & EHV-5) et Coronavirus équin (ECoV)) n’ont actuellement pas tous été recherchés par qPCR dans le cadre de l’asthme équin modéré (AEM) chez les chevaux à l’entrainement. Les objectifs de ce projet sont :1) déterminer la prévalence et l'incidence de la détection et/ou quantification des génomes viraux dans les voies respiratoires des chevaux de course à l’entrainement ; 2) étudier la concordance entre deux compartiments des voies respiratoires; 3) préciser les relations entre la détection et/ou quantification virale et a) les signes cliniques d’AEM et b) les performances. Une étude prospective longitudinale a été conduite de Novembre 2012 à Janvier 2015, sur 52 Trotteurs Français différents ont été prélevés mensuellement : des écouvillons naso-pharyngés (ENP) et du liquide de lavage trachéal (LT). Les dix virus d’intérêt ont été systématiquement recherchés par qPCR dans les ENP et les LT. Les signes cliniques d’AEM (jetage nasal, toux) et le score de mucus trachéal ont été notés lors de chaque examen. Les génomes viraux les plus fréquemment détectés dans les ENP et LT sont EHV-5, EHV-2 et ERBV. Aucune association significative n'a été trouvée entre la détection/quantification virale dans les ENP et les signes cliniques. La détection d’EHV-2 dans le LT a été significativement associée à la toux (OR 3,1; P=0,01) et à l’excès de mucus trachéal (OR 2,1; P=0,02). La détection (OR 5,3; P < 0,001) et la quantification d’ERBV (OR 15,0; P < 0,001) dans le LT ont été significativement associés à la toux.

Equine influenza virus (EIV), α-herpesvirus (EHV-1 & EHV-4), Equine rhinitis virus A and B (ERAV & ERBV), Equine adenovirus 1 and 2 (EAdV1 & EAdV2) Herpesvirus (EHV-2 & EHV-5) and Equine coronavirus (ECoV)) are not currently being investigated by qPCR for mild equine asthma (MEA) in training horses. The objectives of this project are to: 1) determine the prevalence and incidence of viral genome detection and / or quantification in the respiratory tract of racehorses during training; 2) to study the concordance between two compartments of the respiratory tract; 3) specify the relationship between detection and / or viral quantification and a) the clinical signs of MEA and b) performance. A longitudinal prospective study was conducted from November 2012 to January 2015, both nasopharyngeal swabs (NS) and tracheal washes (TW) were collected monthly on 52 Strandardbred racehorses at training. The ten viruses of interest were systematically investigated by qPCR in NS and TW. Clinical signs of MEA (nasal discharge, cough) and tracheal mucus score were noted during each examination. The viral genomes most frequently detected in NS and TW are EHV-5, EHV-2 and ERBV. No significant association was found between viral detection / quantification in NS and clinical signs. Detection of EHV-2 in TW was significantly associated with cough (OR 3. 1, P = 0. 01) and excess tracheal mucus (OR 2. 1, P = 0. 02). Detection (OR 5. 3; P <0. 001) and quantification of ERBV (OR 15. 0; P <0. 001) in LT were significantly associated with cough.