Thèse soutenue

Epidémiologie moléculaire des virus dans les voies respiratoires et association avec les signes cliniques d’asthme équin modéré

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Auteur / Autrice : Nadia Doubli-Bounoua
Direction : Guillaume Fortier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Date : Soutenance en 2016
Etablissement(s) : Caen
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Labéo
autre partenaire : Normandie Université (2015-....)
Jury : Président / Présidente : Anne Couroucé
Examinateurs / Examinatrices : Guillaume Fortier, Anne Couroucé, Sylvie Lecollinet, Alain Rincé
Rapporteurs / Rapporteuses : Anne Couroucé, Sylvie Lecollinet

Résumé

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Les virus (Influenza virus équin (EIV), α-herpèsvirus (EHV-1 & EHV-4), Virus de la rhinite équine A et B (ERAV & ERBV), Adénovirus équin 1 et 2 (EAdV1 & EAdV2), γ-herpèsvirus (EHV-2 & EHV-5) et Coronavirus équin (ECoV)) n’ont actuellement pas tous été recherchés par qPCR dans le cadre de l’asthme équin modéré (AEM) chez les chevaux à l’entrainement. Les objectifs de ce projet sont :1) déterminer la prévalence et l'incidence de la détection et/ou quantification des génomes viraux dans les voies respiratoires des chevaux de course à l’entrainement ; 2) étudier la concordance entre deux compartiments des voies respiratoires; 3) préciser les relations entre la détection et/ou quantification virale et a) les signes cliniques d’AEM et b) les performances. Une étude prospective longitudinale a été conduite de Novembre 2012 à Janvier 2015, sur 52 Trotteurs Français différents ont été prélevés mensuellement : des écouvillons naso-pharyngés (ENP) et du liquide de lavage trachéal (LT). Les dix virus d’intérêt ont été systématiquement recherchés par qPCR dans les ENP et les LT. Les signes cliniques d’AEM (jetage nasal, toux) et le score de mucus trachéal ont été notés lors de chaque examen. Les génomes viraux les plus fréquemment détectés dans les ENP et LT sont EHV-5, EHV-2 et ERBV. Aucune association significative n'a été trouvée entre la détection/quantification virale dans les ENP et les signes cliniques. La détection d’EHV-2 dans le LT a été significativement associée à la toux (OR 3,1; P=0,01) et à l’excès de mucus trachéal (OR 2,1; P=0,02). La détection (OR 5,3; P < 0,001) et la quantification d’ERBV (OR 15,0; P < 0,001) dans le LT ont été significativement associés à la toux.