Facteurs d'opportunisme chez enterobacter cloacae complexe

Opportunistic factors in Enterobacter cloacae complex

• Auteur / Autrice : François Guérin
• Direction : Jean-Christophe Giard
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance en 2016
• Etablissement(s) : Caen
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de biologie fondamentale et appliquée (Caen)
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Normandie Université (2015-....)
• Jury : Président / Présidente : Richard Bonnet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Christophe Giard, Richard Bonnet, Marie-Cécile Ploy, Patrick Plésiat, Vincent Cattoir
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marie-Cécile Ploy, Patrick Plésiat

Mots clés

Mots clés contrôlés

Pompes d'efflux

Céphalosporinase

Résistance aux antibiotiques

Virulence (microbiologie)

Colistine

Thèses et écrits académiques

Enterobacter cloacae

Résumé

Enterobacter cloacae, bactérie commensale du tube digestif de l’homme, est devenu un pathogène opportuniste majeur en particulier chez les patients hospitalisés dans les unités de soins continus. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés aux facteurs d’opportunisme chez le complexe Enterobacter cloacae, susceptibles d’expliquer son émergence. La mise au point d’une stratégie d’analyse par « Transposon sequencing », nous a permis dans une première approche de mettre en évidence des gènes potentiellement impliqués dans la colonisation par cette bactérie. Par la construction de souches mutantes, 3 gènes (fliI codant pour ATP synthétase transportant la flagelline, ECL_00056 codant pour un régulateur TetR et ECL_01421 codant pour une protéine hypothétique de 49 acides aminés) semblent être impliqués dans le processus de colonisation. Parallèlement, nous nous sommes intéressés à 3 mécanismes de résistance aux biocides qui constituent également des facteurs d’opportunisme. I) Nous avons décrypté la régulation de l’expression de la céphalosporinase chromosomique (ampC) en s’inspirant du modèle de Pseudomonas aeruginosa. Ii) Nous avons caractérisé le rôle de 11 gènes codant pour les pompes d’efflux de type RND pour lesquelles nous avons réalisé l’étude de la sensibilité à 36 biocides et le rôle de la virulence de E. Cloacae dans le modèle Galleria mellonella. Iii) Pour finir, nous nous sommes intéressés à l’hétéro-résistance à la colistine, antibiotique de recours, caractérisant la grande majorité des clusters, à l’exception des C-III et C-VI majoritairement retrouvés en clinique.

Enterobacter cloacae, a commensal bacteria of the human gastrointestinal tract, has become a major opportunistic pathogen in hospitalized in the intensive care units. In this study, we were interested to the opportunism factors of complex Enterobacter cloacae, that may explain its emergence. The development of a “Transposon sequencing” strategy, allowed us to highlight genes potentially involved in colonization of E. Cloacae. By the construction of mutant strains, 3 genes (fliI coding for ATP synthetase transporting the flagelline, ECL_00056 coding for a regulator TetR and ECL_01421 coding for a hypothetical protein of 49 amino acids) seem to be involved in the process of colonization. In parallel, we were interested in 3 mechanisms of resistance to biocides. I. We deciphered the regulation of the expression of chromosomal cephalosporinase (ampC) that also constitute opportunistic traits by comparison with the model of Pseudomonas aeruginosa. Ii) We characterized the role of 11 genes encoding for coded for RND-type transporters, which were tested for their role in antimicrobial susceptibility to 36 compounds and their virulence in the invertebrate Galleria mellonella model of infection. Iii) we were interested to the hetero-resistance of colistine (one of the constitutive opportunistic traits) characterizing the great majority of clusters of E. Cloacae, with the exception of the C-III and C-VI that are mainly found in clinical strains.