Résistance de Helicobacter pylori aux antibiotiques et d’autres substances antimicrobiennes. : Aspects moléculaires des mécanismes de détection

Helicobacter pylori resistance to antibiotics and other antimicromial substances. : Molecular aspects of detection mechanisms

• Auteur / Autrice : Esther Nina Ngoyi
• Direction : Francis Mégraud, Ange Antoine Abena
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie Immunologie
• Date : Soutenance le 02/12/2016
• Etablissement(s) : Bordeaux en cotutelle avec Université Marien-Ngouabi (Brazzaville)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Talence, Gironde ; 1993-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Infection à Hélicobacter, inflammation et cancer (Bordeaux)
• Jury : Président / Présidente : Jean Rosaire Ibara
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Vincendeau, Donatien Moukassa, Dr. Obengui
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-Charles Delchier, Moussa Fafa Cisse

Mots clés

Mots clés contrôlés

Clarithromycine

Pathogénicité

Helicobacter pylori

Résistance aux médicaments

Infections à Helicobacter pylori

Mots clés libres

Helicobacter pylori

Résistances

Stabilité

Helicobacter pylori

Resistances

Stability

Résumé

Contexte : Amélioration de la prise en charge de l’infection à H. pylori. Matériels et Méthodes : Détection de H. pylori, la résistance à la clarithromycine, la tétracycline, la lévofloxacine, et la détermination des gènes de pathogénicité ont été réalisées par PCR en temps réel, du gène de l’ARNr 23 S, de l’ARNr 16S, PCR classique et séquençage. L’évaluation de la stabilité du mutant résistant par rapport à l’isolat sensible était obtenue par compétition en culture sur cellules gastriques AGS sur une longue période, suivie du séquençage du génome entier. L’évaluation de l’effet de l’extrait de Ceiba pentandra sur H. pylori était réalisée par la détermination de la concentration minimale inhibitrice. Résultats : Prévalence de l’infection à H. pylori : 75.52%, résistance à la clarithromycine et tétracycline : 4,2% et 1,2%, résistance à la lévofloxacine : 57%. Gène CagA : 92,2%. Gène Vac As1m1 : 82%. Absence de stabilité du mutant résistant dans le couple de souches 3695 R/S (ratio R / S 0,1), à 30 jours de la co-culture (p <0.05) ; ce mutant présentait la mutation A2142G, conférant la résistance à la clarithromycine. On notait la stabilité du mutant résistant dans l’autre couple de souches 3657R/S (ratio R / S ratio : 1,7) à 40 jours de la co-culture (p <0.05), avec développement des mutations compensatoires ; ce mutant présentait la mutation A2143G. L’activité modérée à faible était notée avec les extraits hydroéthanolique et butanolique de Ceiba pentandra, avec une concentration minimale inhibitrice de 50 à 80 μg / ml.Conclusion : il est possible de traiter l’infection à H. pylori avec une thérapie à base de clarithromycine au Congo. L’absence d’une activité forte ne permet pas de recommander Ceiba pentandra dans le traitement de l’infection à H. pylori . La réversion de la résistance dans le cas de H. pylori peut être envisagée.

Context: The objective of this work was to improve Helicobacter pylori infection management. Materials and methods: H. pylori detection, it’s resistance to clarithromycine, tetracyclin, levofloxacin, and determination pathogenic genes were done by real-time PCR on 23 S rRNA, on 16 S rRNA gene, classic PCR, sequencing. Evaluation of the resistant mutant stability to its sensitive isolate was carried out by competing them over a long period in culture on AGS gastric cells and whole sequencing genome. The evaluation of Ceiba pentandra extract effect on H. pylori was carried out by determining the minimum inhibitory concentration. Results: Prevalence of H. pylori infection: 75.52%, resistance to clarithromycin and tetracycline: 4.2% and 1.2%, levofloxacin resistance: 57%. CagA gene: 92.2%. Vac As1m1 gene: 82%. Lack of stability of the resistant mutant in a 3695 R/S pair of isolates (R/S ratio 0.1), at the 30 day of the co-culture (p <0.05); this mutant had an A2142G mutation conferring resistance to clarithromycin. Stability of the resistant mutant in the other 3657 pair of isolates (R/S ratio of 1.7) at the 40 day of the co-culture (p <0.05), with development of compensatory mutations; this mutant had an A2143G mutation conferring resistance to clarithromycin. The moderate to low activity was noted with the hydroethanol extract and the butanol extract: minimum inhibitory concentration: 50 to 80 μg / ml. Conclusion: It’s possible to treat H. pylori infection with therapy based on clarithromycin in Congo. The absence of a strong activity does not make it possible to recommend Ceiba pentandra in the treatment of H. pylori infection. Reversion resistance is possible with H. pylori.