Thèse soutenue

Identification de marqueurs épidémiologiques par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF : application aux principales espèces bactériennes responsables d'infections nosocomiales

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Auteur / Autrice : Marlène Sauget
Direction : Didier Hocquet
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
Date : Soutenance le 18/11/2016
Etablissement(s) : Besançon
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire chrono-environnement (Besançon) - Laboratoire chrono-environnement (Besançon)
Jury : Président / Présidente : Christophe De Champs
Examinateurs / Examinatrices : Didier Hocquet, Christophe De Champs, Stéphane Corvec, Matthieu Eveillard, Xavier Bertrand
Rapporteurs / Rapporteuses : Stéphane Corvec, Matthieu Eveillard

Résumé

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Le typage bactérien est une mesure de contrôle essentielle pour lutter contre la diffusion des bactéries multirésistantes, mais les techniques actuelles sont longues et coûteuses. L'objectif de cette thèse était d'évaluer la capacité de la technique MALDI-TOF MS à typer les 3 principales espèces bactériennes responsables d'infections nosocomiales - Escherichia coli, Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa. L'analyse par MALDI-TOF MS permet d'identifier les souches de E. coli appartenant au phylogroupe B2, souches les plus virulentes parmi les souches extra-intestinales, et au STI 31, clone très impliqué dans la dissémination des P-lactamases à spectre étendu. Chez S. aureus, cette technique reconnait les souches appartenant au CC398, impliquées dans une proportion importante d'infections graves chez des personnes fragiles. La technique MALDI-TOF MS identifie également cinq clones de P. aeruginosa à haut risque épidémique - STI 11, STI 75, ST235, ST253, ST395. Si nous avons confirmé des pics caractéristiques du phylogroupe B2 décrit également par d'autres auteurs, les pics biomarqueurs identifiant E. coli ST131 ou des clones épidémiques de S. aureus varient suivant les études. Différents paramètres peuvent influencer les résultats de typage par MALDI-TOF MS et doivent donc être standardisés. La technique MALDI-TOF MS permet d'identifier certains clones épidémiques. En gardant à l'esprit que le choix d'une méthode de typage doit être fait en fonction des objectifs mais aussi des performances des différents systèmes disponibles, la technique MALDI-TOF MS pourrait se positionner comme un outil de typage de première ligne.