Thèse soutenue

Écosystèmes microbiens des poissons tropicaux, Thunnusalbacareset Sciaenopsocellatus, après abattage et incidence sur la qualité des produits

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Auteur / Autrice : Adèle Dauchy
Direction : Françoise LeroiJuliette Emilie Smith-Ravin
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences agronomiques, biotechnologies agro-alimentaires
Date : Soutenance le 08/12/2016
Etablissement(s) : Antilles
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Milieu insulaire tropical à risques : protection, valorisation , santé et développement (Pointe-à-Pitre)
Jury : Président / Présidente : Christophe Roos
Examinateurs / Examinatrices : Christophe Roos, Souad Christieans, Georges Daube, Guylène Aurore, Lionel De Reynal
Rapporteurs / Rapporteuses : Souad Christieans, Georges Daube

Résumé

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Le poisson est un produit très périssable dont l’altération résulte essentiellement de la croissance bactérienne. Comparé aux régions tempérées, peu d’études portent sur le microbiote d’altération des poissons tropicaux. En Martinique, le thon jaune (Thunnus albacares) et l’ombrine ocellée (Sciaenops ocellatus) représentent des poissons d’intérêt pour les filières pêche et aquaculture. Dans le but de mieux connaître le microbiote d’altération de ces poissons, des analyses culturales et aculturales (séquençage de nouvelle génération des amplicons d’ARNr 16S, Illumina MiSeq) ont été réalisées.Une grande diversité d’espèces bactériennes a été retrouvée dans le thon et l’ombrine fraîchement pêchés (104 et 887 OTUs, respectivement) et la plupart d’entre elles sont communément isolées des poissons (Chryseobacterium, Burkholderia, Flavobacterium, Psychrobacter, Arthrobacter, Staphylococcus). Certaines, comme Ralstonia sp. et Rhodanobacter terrae, en quantité importante dans le thon frais, sont plus atypiques. Au cours de l’entreposage du thon sous-glace, Pseudomonas et Brochothrix deviennent dominants. L’emballage sous atmosphère modifiée (MAP) ou sous vide (VP) entraine clairement la sélection de Brochothrix dans un cas et d’un mélange de Brochothrix, bactéries lactiques (Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum) et d’entérobactéries (Hafnia paralvei) dans l’autre, et ne permet pas une augmentation significative de la durée de conservation. Pour les filets d’ombrine, peu de différences sont observées entre MAP et VP dont le microbiote se compose essentiellement de bactéries lactiques (Carnobacterium spp., Vagococcus spp., Lactococcus spp., Leuconostoc spp.). La durée de conservation est étendue de 15 jours par rapport au poisson entier sous air.L’inoculation de différentes espèces bactériennes dans de la chair pauci-microbienne de thon ou d’ombrine a montré que Hafnia paralvei et Serratia spp. sont les espèces les plus altérantes. Brochothrix thermosphacta et Carnobacterium spp. produisent aussi des odeurs indésirables mais de façon plus modérée. Chez Pseudomonas, les espèces ne sont pas toutes altérantes et présentent même parfois des capacités à empêcher le développement des mauvaises odeurs induites par d’autres bactéries (Pseudomonas psychrophila/fragi) et à dégrader l’histamine (Pseudomonas cedrina, Pseudomonas plecoglossicida/monteilii). En parallèle, des tests sensoriels et des dosages physico-chimiques ont également été réalisés pour comprendre les conséquences de la croissance bactérienne et identifier des indicateurs fiables pour l’évaluation du degré d’altération des produits.