Caractérisation des communautés virales de vecteurs & réservoirs de zoonoses : exemples des culicoïdes et de la viande de brousse

Characterization of viral communities of vectors and reservoirs of zoonoses : examples of biting midges and bushmeat.

• Auteur / Autrice : Sarah Temmam
• Direction : Oleg Mediannikov, Christelle Desnues
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 18/01/2016
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille ; 2008-2018)
• Jury : Président / Présidente : Philippe Colson
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Colson, Etienne Thiry, Patrice Morand, Serafin Gutierrez
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Etienne Thiry, Patrice Morand

Mots clés

Mots clés contrôlés

Viande

Thogotovirus

Orbivirus

transmission

Maladies des singes

génétique

ARN viral

Ceratopogonidae

Séquençage nucléotidique à haut débit

Infections à virus à ADN

virologie

Zoonoses

Métagénomique

Mots clés libres

Métagénomique

Virome

Arthropode hématophage

Culicoïdes

Viande de brousse

Metagenomics

Virome

Hematophagous arthropods

Biting midges

Bushmeat

Résumé

Les zoonoses constituent plus des deux tiers des pathologies virales qui concernent l’homme. Le développement et la démocratisation des outils de métagénomique en font de bons outils d’inventaire et de surveillance de virus potentiellement émergents.Dans un premier temps j’ai développé et validé un protocole expérimental de purification des viromes à ARN qui permettait le maintien de l’infectivité des particules virales. Ce protocole a ensuite été appliqué pour caractériser les communautés virales d’arthropodes hématophages et de prélèvements de faune sauvage. J’ai par la suite réalisé l’inventaire des communautés virales de viande de singe fumée illégalement importée en France et confisquée par les douanes, qui a révélé la présence de nombreux bactériophages, dont certains pourraient infecter des bactéries potentiellement pathogènes pour l’homme.Enfin j’ai caractérisé les communautés virales de culicoïdes collectés au Sénégal, ce qui a permis de mettre en évidence la présence de nombreux virus géants à ADN infectant les amibes. Le séquençage des viromes à ARN a quant à lui révélé la présence d'un certain nombre d'arbovirus qui pourraient constituer un risque d’émergence pour la santé humaine. Du fait de nombreux facteurs intrinsèques et extérieurs à l’agent infectieux, la prédiction des futures émergences de virus zoonotiques est très compliquée voire utopique, mais elle reste un challenge crucial et d’actualité. La stratégie de réalisation d’inventaires des communautés virales présentes dans les différents acteurs des cycles de transmission zoonotique est un premier pas indispensable dans la connaissance des risques potentiels d’émergence en population humaine.

Zoonoses are responsible of more than two thirds of human viral infections. The development of high-throughput sequencing tools and their application in metagenomics allow inventorying the viral communities of various reservoirs in order to detect the emergence of viruses before their infection to humans. In this context, I characterized the viral communities of simian bushmeat illegally imported into France and of Culicoides biting midges, recognized vectors of several viruses of human and veterinary medicine importance. I have first developed a protocol for the purification of RNA viromes which allowed maintaining the infectivity of viral particles. This protocol was subsequently applied to characterize viral communities of bloodsucking arthropods and wildlife samples. In a second part I realized the inventory of viral communities of smoked simian bushmeat illegally imported into France and confiscated by the French customs. This study revealed the presence of a wide diversity of bacteriophages, in which some of them could infect bacteria potentially pathogenic for humans.Finally I characterized the viral communities of Culicoides biting midges collected in Senegal, which revealed the presence of sequences related to several giant DNA viruses infecting amoeba. Sequencing of the RNA virome revealed the presence of several arboviruses that could constitute a risk of emergence of zoonoses for humans.The prediction of future emerging zoonotic viruses is very difficult, if not impossible. However the characterization of viral communities present in the different actors of zoonotic transmission cycle is a first step to evaluate potential risks of transmission to humans.