Etude de la diversité microbienne (bactéries et archées) d'un environnement hypersalé tunisien, le Chott El Jerid : applications biotechnologiques
Auteur / Autrice : | Manel Ben Abdallah |
Direction : | Jean-Claude Sigoillot, Sami Sayadi, Jean-Luc Tholozan |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie |
Date : | Soutenance le 15/12/2016 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille en cotutelle avec École nationale d'ingénieurs de Sfax (Tunisie) |
Ecole(s) doctorale(s) : | École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Equipe de recherche : Institut de recherche pour le développement (France ; 1998-....) - Institut méditerranéen d'océanologie (Marseille ; Toulon ; 2012-....) |
Jury : | Président / Présidente : Samir Bejar |
Examinateurs / Examinatrices : Slim Tounsi, Marc Tedetti | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Tahar Mechichi, Olivier Pringault |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Le présent travail s’intéresse à l’étude de la diversité des communautés procaryotiques, basée sur le gène codant pour l’ARNr 16S et sur les gènes codants pour la sous-unité β du sulfite réductase dissimilatrice (dsrB) et la sous-unité alpha de la méthyl-coenzyme M réductase (mcrA), pour étudier la diversité de la communauté des bactéries sulfato-réductrices et des méthanogènes, respectivement à partir des échantillons collectés en saison sèche ou pluvieuse du Chott El Jerid. Les analyses des séquences du gène codant pour l’ARNr 16S ont montré que les bactéries regroupées aux Proteobacteria et Firmicutes sont détectés dans les deux saisons alors que les séquences appartenant au groupe taxonomique Bacteroidetes, Actinobacteria et Betaproteobacteria sont apparues uniquement dans la saison pluvieuse. Le groupe Deinococcus-Thermus sont observés que dans la saison sèche. Dans le domaine des archées, la plupart des séquences appartiennent au phylum Euryachaeota, détecté dans les deux saisons, alors que, le phylum Crenarchaeota apparait uniquement dans la saison pluvieuse. En plus, les bactéries sulfato-réductrices, appartenant à la classe Deltaproteobacteria, sont fréquents notamment à la saison pluvieuse prouvée déjà par les deux techniques DGGE et qPCR. A partir des cultures d’enrichissement, de nombreuses bactéries anaérobies fermentaires appartiennent aux familles Halanaerobiaceae et Halobacteroidaceae. Les analyses phylogénétiques ainsi que les caractéristiques phénotypiques et physiologiques montrent une nouvelle souche Sporohalobacter salinus proche de l’espèce Sporohalobacter lortetii, seule espèce décrite à ce jour du genre Sporohalobacter.