Thèse soutenue

Génétique écologique et génomique des évènements de divergence chez les complexes d’espèces en forêt tropicale humide

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Auteur / Autrice : Alexandra Tinaut
Direction : Ivan ScottiCaroline Scotti-Saintagne
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique
Date : Soutenance le 17/12/2015
Etablissement(s) : Guyane
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Diversités, santé et développement en Amazonie (Cayenne)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Ecologie des forêts de Guyane / ECOFOG
Jury : Examinateurs / Examinatrices : Caroline Scotti-Saintagne, Giorgio Binelli, Philippe Lashermes, Christophe Duplais
Rapporteurs / Rapporteuses : Giorgio Binelli, Philippe Lashermes

Résumé

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Connaitre et appréhender les mécanismes de la diversification des espèces est important pour la gestion des écosystèmes, la prévision des impacts des changements climatiques et la compréhension de la biodiversité actuelle et passée. Le but de cette thèse est de comprendre et de déceler les mécanismes génétiques à l’origine de la diversification des espèces en présence de flux de gènes. Cette thèse se focalise sur le modèle biologique Symphonia globulifera, qui compte deux écotypes : le S.globulifera spécialiste de la terra firme et le S.sp1, spécialiste des bas-fonds. Ces deux écotypes montrent une faible différenciation génétique, malgré la présence de deux phénotypes différents.Une première étape a été de mettre en évidence la présence d’une adaptation locale au sein de cette espèce, par le biais d’une expérimentation de jardins de transplantation réciproques, permettant d’expliquer la répartition des écotypes dans leur habitat naturel. Ensuite, dans le but d’identifier les mécanismes sous-jacent à cette adaptation locale, j’ai testé l’hypothèse que la méthylation des gènes pourrait être une marque de l’épigénétique contribuant à la divergence des écotypes, par l’utilisation d’enzyme sensibles à la méthylation dans un protocole de génotypage AFLP. Enfin, un séquençage haut-débit du transcriptome des écotypes en jardins de transplantation réciproques m’a permis de mettre en évidence une expression différentielle des gènes entre les écotypes, qui pourrait expliquer les différences phénotypiques observées entre les écotypes malgré une faible différentiation génétique. Ces travaux de thèse s’appuie, ainsi, sur des données de traits phénotypiques, de génotypage AFLP et de séquençage à haut débit du transcriptome pour montrer la valeur importante de la régulation des gènes dans la divergence des écotypes adaptés localement, et un faible rôle de la méthylation de l’ADN dans l’établissement cette adaptation locale.