Outils bioinformatiques pour l'analyse génétique de la résistance du moustique Anopheles gambiae vis-à-vis des parasites du paludisme

Bioinformatic tools for genetic analysis of resistance to malaria parasites in the mosquito Anopheles gambiae

• Auteur / Autrice : Anaïs Vittu
• Direction : Stéphanie Blandin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique et biologie des systèmes
• Date : Soutenance le 01/12/2015
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Modèles Insectes de l'Immunité Innée (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Luc Imler
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Luc Imler
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Hervé Seitz, Jacques Colinge

Mots clés

Mots clés contrôlés

Dissertations universitaires

Séquençage nucléotidique à haut débit

Polymorphisme génétique

Bioinformatique

Résistance aux antipaludiques

Vecteurs de maladies

Anophèles

Thérapeutique

Paludisme

Mots clés libres

Anopheles gambiae

Paludisme

Facteurs de résistance

Séquençage à très haut débit

Bioinformatique

Anopheles gambiae

Malaria

Resistance factors

Next generation sequencing

Bioinformatics

Résumé

Au cours de ma thèse, j’ai développé et mis en place de nouvelles méthodes utilisant les récentes technologies du séquençage à très haut débit, des outils bioinformatiques et du «reciprocal allele-specifique RNA interference » (rasRNAi) dans l’objectif d’identifier les facteurs génétiques et non génétiques responsables de la résistance du moustique Anopheles gambiae aux parasites du paludisme murin Plasmodium berghei. J’ai mis en place une stratégie d’identification des polymorphismes dans les lignées résistantes et sensibles afin de sélectionner des marqueurs génétiques pour de futures analyses génétiques et lister les gènes polymorphiques. J’ai contribué à l’élaboration de nouvelles sondes ARN double-brin (dsRNAs) allèle spécifique pour la méthode du rasRNAi en identifiant le processus de découpage du dsRNA injecté chez des moustiques par l’analyse des petits ARNs séquencés issus du dsRNA injecté. J’ai élaboré un pipeline pour identifier la composition du microbiote des lignées sensibles et résistantes dans le but de les comparer.

During my PhD, I developed and implemented new methods and tools using the latest technologies of the Next Generation Sequencing, bioinformatics tools and the « reciprocal allele-specific RNA interference » (rasRNAi) method with the aim of identifying genetic and non-genetic factors responsible for the resistance of the mosquito Anopheles gambiae to the mouse malaria parasites Plasmodium berghei. I have implemented a strategy for identifying polymorphisms in the resistant and susceptible lines to (1) select genetic markers for future genetic analysis and (2) list the polymorphicgenes. I contributed to the development of a new allele-specific dsRNA probe for the rasRNAi method by identifying how mosquitoes process the injected dsRNA by the analysis of sequenced small RNAs from the injected dsRNA. I developed a pipeline to identify the microbiota composition in susceptible and resistant lines in order to compare them.