MyGeneFriends : vers un nouveau rapport entre chercheurs et mégadonnées

MyGeneFriends : towards a new relationship between researchers and big data

• Auteur / Autrice : Alexis Allot
• Direction : Odile Lecompte, Olivier Poch
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique et biologie des systèmes
• Date : Soutenance le 09/10/2015
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
• Jury : Président / Présidente : Pierre Gançarski
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laurent Vallar
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Frédéric Chalmel, Ioannis Xenarios

Mots clés

Mots clés contrôlés

Information génétique

Génomique comparative

Analyse des données -- Logiciels

Web usage mining

Données massives

Mots clés libres

Génomique

Réseaux sociaux

Maladies

Personnalisation

Infrastructure web

Mégadonnées

Genomics

Social networks

Diseases

Personalisation

Web framework

Bigdata

Résumé

Ces dernières années, la biologie a subi une profonde mutation, impulsée notamment par les technologies à haut débit et la montée de la génomique personnalisée. L’augmentation massive et constante de l’information biologique qui en résulte offre de nouvelles opportunités pour comprendre la fonction et l’évolution des gènes et génomes à différentes échelles et leurs rôles dans les maladies humaines. Ma thèse s’est articulée autour de la relation entre chercheurs et information biologique, et j’ai contribué à (OrthoInspector) ou créé (Parsec, MyGeneFriends) des systèmes permettant aux chercheurs d’accéder, analyser, visualiser, filtrer et annoter en temps réel l’énorme quantité de données disponibles à l’ère post génomique. MyGeneFriends est un premier pas dans une direction passionnante, faire en sorte que ce ne soient plus les chercheurs qui aillent vers l’information, mais que l’information pertinente aille vers les chercheurs sous une forme adaptée, permettant l’accès personnalisé et efficace aux grandes quantités d’informations, la visualisation deces informations et leur interconnexion en réseaux.

In recent years, biology has undergone a profound evolution, mainly due to high through put technologies and the rise of personal genomics. The resulting constant and massive increase of biological data offers unprecedented opportunities to decipher the function and evolution of genes and genomes at different scales and their roles in human diseases. My thesis addressed the relationship between researchers and biological information, and I contributed to (OrthoInspector) or created (Parsec, MyGeneFriends) systems allowing researchers to access, analyze, visualize, filter and annotate in real time the enormous quantity of data available in the post genomic era. MyGeneFriends is a first step in an exciting new direction: where researchers no longer search forinformation, but instead pertinent information is brought to researchers in a suitable form, allowing personalized and efficient access to large amounts of information, visualization of this information,and their integration in networks.