Optimisations des stratégies analytiques quantitatives en protéomique : application à l'étude des réponses adaptatives du métabolisme chez divers organismes

Analytical strategies optimisations in quantitative proteomics : application to the study of metabolic disorders for various organisms

• Auteur / Autrice : Marine Plumel
• Direction : Alain Van Dorsselaer
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie analytique
• Date : Soutenance le 26/03/2015
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
• Jury : Président / Présidente : Thierry Rabilloud
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Fabrice Bertile, Florence Arsène-Ploetze, Pierre Bize
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Thierry Rabilloud, Myriam Ferro

Mots clés

Mots clés contrôlés

Troubles du métabolisme

Spectrométrie de masse

Analyse quantitative (chimie)

Analyse qualitative (chimie)

Protéomique

Mots clés libres

Analyse protéomique

Protéomique quantitative

Spectrométrie de masse

Proteomics

Quantitative proteomics

Mass spectrometry

Résumé

L’analyse protéomique consiste à caractériser l’ensemble des protéines exprimées dans une cellule, dans un état et à un temps donné (le protéome). L’analyse protéomique tend aujourd’hui à fournir des informations quantitatives, cependant, pour pouvoir générer des données fiables et sensibles, des optimisations méthodologiques doivent être apportées à chaque problématique biologique. L’objectif de cette thèse a été d’adapter les stratégies protéomiques quantitatives existantes à diverses problématiques biologiques. Ce travail de thèse a ainsi contribué à apporter des résultats originaux concernant l’étude de désordres métaboliques. Il a également permis la mise au point d’une méthode de suivi du statut reproducteur de la tortue Luth. Finalement, il a permis d’évaluer la réponse d’une lignée cellulaire hépatique à une intoxication chronique à l’acide valproique. Ces données alimenteront des algorithmes de prédiction de toxicité hépatique chronique au travers du consortium NOTOX (EU).

Proteomics consists in the characterization of all the proteins expressed in a physiological state and at a given time (the proteome). Today, proteomics tends to bring quantitative information. However, in order to generate reliable, sensitive and robust data, whatever the biological question, methodological improvements need to be done. The aim of this PhD thesis was to apply and adapt quantitative proteomics strategies to specific biological issues as there is no universal quantifying method. This PhD thesis contributed to bringing original results concerning the study of metabolic disorders. It has also contributed to setting-up a targeted approach in order to quantify the level of reproductive effort of Leatherback Turtles. Finally, this PhD thesis also contributed, through the consortium NOTOX (EU), to the evaluation of physiological answers of hepatic cell lines exposed to valproic acid. These data will be used in order to generate hepatotoxicity prediction algorithms.