Thèse soutenue

Le devenir statistique de l'ADN génomique : Modélisation des statistiques d'appariement dans différents scénarios évolutifs
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Auteur / Autrice : Florian Massip
Direction : Sophie Schbath
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Mathématiques aux interfaces
Date : Soutenance le 02/10/2015
Etablissement(s) : Université Paris-Saclay (ComUE)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de mathématiques Hadamard (Orsay, Essonne ; 2015-....)
Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019)
Laboratoire : Institut national de la recherche agronomique (France). Centre de recherches zootechniques (Jouy-en-Josas, Yvelines)
Jury : Président / Présidente : Amaury Lambert
Examinateurs / Examinatrices : Sophie Schbath, Amaury Lambert, Philipp Messer, Laurent Duret, Peter F. Arndt, Christine Dillmann
Rapporteurs / Rapporteuses : Philipp Messer, Laurent Duret

Résumé

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Le but de cette thèse est d'étudier la distribution des tailles des répétitions au sein d'un même génome, ainsi que la distribution des tailles des appariements obtenus en comparant différents génomes. Ces distributions présentent d'importantes déviations par rapport aux prédictions des modèles probabilistes existants. Étonnamment, les déviations observées sont distribuées selon une loi de puissance. Afin d'étudier ce phénomène, nous avons développé des modèles mathématiques prenant en compte des mécanismes évolutifs plus complexes, et qui expliquent les distributions observées. Nous avons aussi implémenté des modèles d'évolution de séquences in silico générant des séquences ayant les mêmes propriétés que les génomes étudiés. Enfin, nous avons montré que nos modèles permettent de tester la qualité des génomes récemment séquencés, et de mettre en évidence la prévalence de certains mécanismes évolutifs dans les génomes eucaryotes.