Thèse soutenue

Identification et caractérisation des régions épigénétiquement dynamiques en réponse aux facteurs environnementaux dans les cellules hépatiques
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Auteur / Autrice : Pierre-Benoit Ancey
Direction : Zdenko HercegHector Hernandez-Vargas
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie
Date : Soutenance le 30/11/2015
Etablissement(s) : Lyon 1
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale de Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire (Lyon)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre international de recherche sur le cancer
Jury : Président / Présidente : Isabelle Chemin
Examinateurs / Examinatrices : Zdenko Herceg, Hector Hernandez-Vargas, Caroline Moyret-Lalle, Anne Dubart-Kupperschmitt, James Flanagan
Rapporteurs / Rapporteuses : Esteban Ballestar, Anne Corlu

Résumé

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Ces dernières années des études ont montré le rôle de la méthylation dans la régulation transcriptionnelle. Au cours de cette thèse, nous avons exposé des cellules hépatiques à plusieurs stimuli pour en évaluer l'effet au niveau du méthylome. Nous avons précisément étudié des facteurs clés dans le carcinome hépatocellulaire que sont le virus de l'hépatite B, le TGFbeta et au cours de la différenciation des hépatocytes. Au cours de ces expositions, nous avons observé que la méthylation était remanié spécifiquement dans certaines régions. En effet nous n'avons pas observé de nombreux changements dans les régions promotrices mais dans les régions intragéniques. Nous avons ensuite identifié l'impact des changements de méthylation dans ces régions. Nous avons ainsi pu observer qu'au cours de la différenciation hépatique une déméthylation du corps du gène HNF4A au sein d'un promoteur alternatif était corrélé à l'expression d'un autre isoforme de ce gène sous le contrôle de ce promoteur alternatif. Enfin nous avons utilisé l'outil d'édition CRISPR pour modifier les régions intragéniques. Nous avons ainsi inséré des mutations au sein d'un enhancer intronique du gène TRRAP. Nous avons alors observé que cette région semblait être nécessaire à la surexpression du gène au cours du traitement mais également au niveau de la réponse au TGFbeta. En conclusion nous avons identifié les régions intragéniques comme des régions épigénétiquement dynamiques en réponse aux facteurs environnementaux tels que l'inflammation et l'infection par HBV. Nous avons également identifié pour ces régions un potentiel rôle dans la régulation transcriptionnelle ainsi que dans les événements d'épissage alternatif