Évaluation des stratégies adaptatives des métazoaires aux faibles disponibilités en nutriments : couplage d’approches d’écologie isotopique et de transcriptomique chez des isopodes épigés et hypogés
Auteur / Autrice : | Clémentine Francois |
Direction : | Christophe Douady, Tristan Lefébure, Florian Mermillod-Blondin, Laurent Simon |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie évolutive |
Date : | Soutenance le 25/09/2015 |
Etablissement(s) : | Lyon 1 |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation (Lyon ; 1999-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire d'Écologie, des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés |
Jury : | Président / Présidente : Emmanuel Desouhant |
Examinateurs / Examinatrices : Christophe Douady, Tristan Lefébure, Nicolas Galtier, Michaël Danger | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Gwenaël Piganeau, Pascal Riera |
Résumé
L'objectif de cette thèse est d'étudier les réponses adaptatives des métazoaires à une diminution de la disponibilité en nutriments dans leur environnement. Ce travail, couplant des approches d'écologie isotopique et de transcriptomique, est basé sur l'analyse comparative d'isopodes de surface (épigés) et souterrains (hypogés) évoluant depuis plusieurs millions d'années dans des environnements présentant des disponibilités en nutriments très contrastées (absence de photosynthèse en milieu souterrain). Leur histoire évolutive (multiples colonisations indépendantes du milieu souterrain) a permis de définir 13 couples composés d'une espèce épigée et d'une espèce hypogée partageant un ancêtre commun épigé (i.e. 13 réplicats indépendants d'une transition vers un milieu plus pauvre en nutriments). Des adaptations en termes d'amélioration de l'acquisition des nutriments (diminution de la sélectivité trophique, stratégies spécialistes) et de diminution de la demande métabolique (diminution du taux de croissance) ont été mises en évidence chez les isopodes hypogés. En revanche, l'hypothèse d'une sélection _stoechiogénomique_ des nucléotides et acides aminés les plus économes en azote a été réfutée. Il est possible que la sélection naturelle soit inopérante sur la composition des ARN et protéines de par les faibles tailles efficaces de population (Ne) des métazoaires. La sélection pourrait aussi être inexistante à ce niveau, de par l'existence d'interactions entre les différentes réponses adaptatives. Ainsi, l'adoption de certaines réponses adaptatives plus efficaces et/ou rapides à mettre en place pourrait suffire à relâcher la pression de sélection sur les autres réponses