Modélisation de la dynamique des réseaux biologiques : applications en génétique et immunologie
Auteur / Autrice : | Hana Hazgui |
Direction : | Jacques Demongeot |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Modèles, méthodes et algorithmes en biologie, santé et environnement |
Date : | Soutenance le 11/12/2015 |
Etablissement(s) : | Université Grenoble Alpes (ComUE) en cotutelle avec Université de Sfax. Faculté des sciences |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement (Grenoble ; 1995-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Âge, imagerie, modélisation (Grenoble ; 2011-2014) |
Jury : | Président / Présidente : Christian Drouet |
Examinateurs / Examinatrices : Jacques Demongeot, Alexandra Henrion-Caude, Mustapha Rachdi, Nicolas Vuillerme | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Sylvain Sené, Georgia Barlovatz-Meimon |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Dans cette thèse, nous nous intéressons à la modélisation statistique de données biologiques, et plus particulièrement à l'étude de l'information génétique et protéique.Dans un premier volet, nous avons amélioré un modèle statistique des données immunologiques existant chez la souris, que nous avons transposé à l'homme, afin d'étudier les différentes recombinaisons qui apparaissent au sein du thymus, à la fin de la vie embryonnaire, entre les segments des gènes de la portion V(D)J du chromosome 14 humain, appelées recombinaisons V(D)J.Dans un deuxième volet, nous avons étudié l'information génétique par le biais des réseaux de régulations génétique, celui de la maladie familiale « atrésie biliaire », ainsi que dans les réseaux de contrôle du système immunitaire, que nous avons appelés « Immunetworks ».Dans un troisième volet, nous proposons une nouvelle approche de la compression des données biologiques, qui intègre une étape de modélisation des processus dynamiques qui leur ont donné naissance : nous avons appelé cette approche la transformée Dynalet et nous l'appliquons, entre autres, à des signaux de spectrométrie RMN (Résonance Magnétique Nucléaire) des protéines et acides nucléiques. Cette méthode consiste à convertir les signaux de spectrométrie en sons, afin de construire une lutherie anharmonique permettant de reproduire les pics de relaxation périodisés, issus des spectres RMN des 20 acides aminés, ainsi que de ceux des 4 bases nucléiques azotées.