Synthèse de données et nouvelle contribution à l'étude des parasites de l'époque romaine, et apports méthodologiques de l'extraction des marqueurs au traitement des résultats

Data review and new contribution to the parasites study of Roman period, and methodological input from the markers extraction to the treatment of results

• Auteur / Autrice : Benjamin Dufour
• Direction : Hervé Richard, Matthieu Le Bailly
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Archéologie
• Date : Soutenance le 07/12/2015
• Etablissement(s) : Besançon
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole doctorale Langages, Espaces, Temps, Sociétés (Besançon ; 1991-2016)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire chrono-environnement (Besançon) - Laboratoire Chrono-environnement
• Jury : Président / Présidente : Emilie Gauthier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Hervé Richard, Matthieu Le Bailly, Emilie Gauthier, Marcelo L. C. Gonçalves, Martine Joly, Jean-Philippe Goiran
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marcelo L. C. Gonçalves, Martine Joly

Mots clés

Mots clés contrôlés

Archéologie -- Méthodologie

Parasitoses

Parasites

Intestins

Antiquité

Parasitologie

Paléoenvironnement

Mots clés libres

Paléoparasitologie

Parasites

Antiquité

Époque romaine

Méthodologie

Paleoparasitology

Antiquity

Roman period

Methodology

Résumé

Les données paléoparasitologiques pour l’époque romaine sont nombreuses, mais souvent diluéesdans des rapports, des monographies ou des articles scientifiques. La première partie de ma thèsevise à rassembler ces informations, et présente une synthèse des données disponibles pour l'époqueromaine (27 av. - 476 ap. J.-C.). Dans cette perspective, une approche pathographique des maladiesparasitaires a été réalisée, et une liste des parasites connus dans l'Antiquité a pu être réalisée. Nousavons également complété ces données grâce à l’étude de onze nouveaux sites archéologiques.L’ensemble des résultats a été intégré dans une base de données, dont l'exploitation a permisd'étudier la répartition géographique des taxons, et de comparer leurs fréquences en fonction dedifférents paramètres tels les types de sites, d'activités, ou d'échantillon.Une seconde partie de mon travail s’est attaché à comparer et améliorer la technique employée pourl’extraction des oeufs de parasites anciens. Plusieurs tests ont été réalisés, qui montrent que lesméthodes sans sélection chimique permettent d’extraire un grand nombre de résidus tout enconservant le maximum de biodiversité. Enfin la quantification précise des oeufs lors des études dessites archéologiques du corpus a permis de tester des approches statistiques et de spatialisation dansle traitement des résultats. Ainsi, l'emploi d’outils tels la classification ascendante hiérarchique(CAH), les systèmes d'information géographique (SIG), ou la micromorphométrie sur les oeufs, ontpermis d'affiner les identifications, et les interprétations des structures au sein des sitesarchéologiques. Ces résultats montrent l’intérêt d’intégrer ces outils dans les étudespaléoparasitologiques à l’avenir.

Paleoparasitological data concerning the Roman period are numerous, but scaterred in reports,monographs or scientific articles. The aim of the first part of my thesis is to collect theseinformations, and provide a review of available data for the Roman period (27 BC - 476 AD). Forthis purpose, a pathographic approach for parasitic diseases has been performed and a listing ofparasites known in Antiquity has been made. We have also completed the data with the study ofeleven new archeological sites. All results have been include in a database. The exploitation of dataallowed to study the taxa geographical repartition, and to compare their frequencies according tovarious parameters such as the type of sites, activities or samples.A second part of my work is focused on comparing and improving the method used to extractancient eggs. Several tests have been performed which point out that methods without chemicalselection allowed to extract many residues, while maintaining the maximum of biodiversity. Tofinish, the precise quantification of eggs during the study of archeological sites from the corpus,allowed to test statistical and spatialization approaches in the treatment of results. So, using toolssuch as hierarchical cluster analysis (HCA), geographic information system (GIS), ormicromorphometry on eggs, allowed to refine identifications and interpretations of structures withinarcheological sites. These results point out the interest to include in the future these tools inpaleoparasitological studies.