Thèse soutenue

Caractérisation de Pseudomonas syringae pv. actinidiae l’agent responsable de l’émergence d’une épidémie de chancre bactérien du kiwi en France et description de Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum, agent causal de taches foliaires sur kiwi.
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Auteur / Autrice : Amandine Cunty
Direction : Charles Manceau
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Physiologie, biologie des organismes, populations, interactions
Date : Soutenance le 08/12/2015
Etablissement(s) : Angers
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Végétal-Environnement-Nutrition-Agro-Alimentaire-Mer (Angers)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Physiologie moléculaire des semences (Unité mixte de recherche INRA-INH-Université d'Angers) - UMR 1345- Institut de Recherche en Horticulture et Semences- IRHS
Jury : Président / Présidente : Philippe Simoneau
Examinateurs / Examinatrices : Bruno Le Cam, Maria Milagros Lopez
Rapporteurs / Rapporteuses : Odile Berge, Christian Verniere

Mots clés

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Résumé

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La bactérie responsable de chancre sur bois, Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa), a causé trois épidémies depuis les années 1980 et se décline en trois biovars. La plus récente et dévastatrice (causée par Psa biovar 3), a été détectée pour la première fois en 2008 en Italie et s’est rapidement répandue dans la majorité des pays producteurs de kiwi, dont en France en 2010. Nous avons analysé la diversité de 280 souches de P. syringae isolées de kiwi en France. La caractérisation biologique et l’analyse phylogénétique des souches par MLSA ont révélé que les biovars 1, 2 et 3 appartenaient à une même lignée génétique, groupant également P. s. pv. theae. Les souches de biovar 4 constituent un ensemble de 4 lignées génétiques distinctes qui ont été rassemblées au sein d’un nouveau pathovar (Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum (Psaf)). Ces souches sont caractérisées par une pathogénie réduite (taches foliaires mais pas de chancre). Cette nouvelle classification permet une meilleure gestion des épidémies de chancre bactérien du kiwi. Le développement d’un schéma MLVA composé de 11 VNTRs a permis d’étudier la structuration génétique de populations de Psa biovar 3, de révéler de la diversité au sein de ce pathovar et d’identifier l’origine italienne de l’épidémie en France. Le séquençage du génome de cinq souches de Psaf et la comparaison de ces séquences avec celles d’autres génomes de Psa et Psaf, disponibles sur NCBI, a permis le développement d’un nouvel outil de détection par PCR temps réel, plus spécifique de chaque biovar de Psa et de Psaf. La MLVA et la PCR temps réel développées ici contribueront à l’amélioration de la surveillance de Psa dans le monde.