Diagnostic rapide de la tuberculose par culture

Rapid diagnosis of tuberculosis by culture

• Auteur / Autrice : Shady Asmar
• Direction : Michel Drancourt
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 30/09/2015
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Sonia Chatellier
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-Louis Herrmann, Raymond Ruimy

Mots clés

Mots clés contrôlés

Chlorhexidine

Techniques bactériologiques

métabolisme

Anti-infectieux locaux

diagnostic

Tuberculose

microbiologie

Expectoration

méthodes

Prélèvement biologique

Tuberculose pulmonaire

croissance et développement

Mycobacterium tuberculosis

Mots clés libres

Mycobacterium spp

Mycobacterium tuberculosis

Tuberculose pulmonaire

Décontamination

Culture

Kit-tuberculosis

Chlorhexidine

Milieu de culture solide

Culture rapide

MOD9

Imagerie temps réel

Advencis Bio-system

Salinité

Adaptation à l'hôte

Mycobacterium spp

Mycobacterium tuberculosis

Pulmonary tuberculosis

Decontamination

Culture

Tuberculosis-kit

Chlorhexidine

Solide culture medium

Rapide culture

MOD9

Real-time imaging

Advencis Bio-system

Salinity

Host-adaptation

Résumé

L'isolement de Mycobacterium tuberculosis par culture est la méthode de référence pour le diagnostic de la tuberculose. Le but de notre travail était d'améliorer et de faciliter le diagnostic par culture de la tuberculose. Dans un premier temps, nous avons produit une revue bibliographique en comparant les différentes techniques ou protocoles utilisés pour le diagnostic de la tuberculose. Ce travail nous a permis d'actualiser notre protocole de diagnostic, avec la mise en place d’un ''kit-tuberculose'' contenant des containers imprégnés de chlorhexidine pour la récupération et la décontamination directe d’échantillons cliniques non- invasifs, suivi par la culture sur un milieu solide à base d'oeuf, et détection des colonies par microscope inversé ou par un système d'imagerie en temps réel. Nous avons mis en place une méthode de décontamination par 0,7%-chlorhexidine et avons montré que cette méthode était plus efficace que la méthode de référence NALC-NaOH. Ensuite, nous avons développé un milieu de culture à base de sérum animal, le MOD9 dont nous avons montré par une étude comparative qu'il était supérieur au milieu solide LJ de référence. Une deuxième étude comparant un protocole de décontamination par la chlorhexidine et culture sur milieu MOD9 au protocole standard, NALC-NaOH/Bactec960 a montré une supériorité par rapport au protocole standard. Enfin, la mise en place d'un système de détection des micro-colonies de M. tuberculosis sur MOD9 par imagerie en temps réel Advencis-Biosystem a permis de réduire le temps de détection de M. tuberculosis à 3,2 jours avec le protocole chlorhexidine/MOD9/Advencis, avec un record mondial de détection en 25h.

Isolation of Mycobacterium tuberculosis by culture is the gold standard for the diagnosis of tuberculosis. The aim of my thesis work was to simplify and improve the culture diagnosis of tuberculosis. At first we started with a bibliographic study, comparing step by step the different techniques and protocols that have been used for the diagnosis of tuberculosis. This work has allowed us to update our tuberculosis diagnosis protocol, starting with the implementation of a ''Tuberculosis-kit'' consisting of chlorhexidine containing containers for the recovery and decontamination of non-invasive specimens, followed by culture on an egg-based medium, a micro- colonies detection using an inverted microscope or an automated real-time imaging incubator system and finally an identification using mass spectrometry. We established a new chlorhexidine- based decontamination method that we showed to be more efficient for the recovery and isolation of M. tuberculosis than the standard NALC-NaOH method. Than we developed a new serum-based culture medium, the MOD9 that we showed in a comparative study to be superior to the reference LJ medium for the recovery of M. tuberculosis. In a second study we proved that our chlorhexidine/MOD9 protocol was superior to the standard NALC-NaOH/Bactec 960 MGIT protocol for the isolation of M. tuberculosis. And finally the implementation of a real time imaging system for the detection of M. tuberculosis micro-colonies on MOD9 permits us to dramatically reduce the detection time from 15 days with the standard NALC-NaOH/Bactec 960 MGIT protocol to 3.2 days with our 0.7%-chlorhexidine/MOD9/Advencis-Biosystem protocol with a world record detection time of 25h.