Thèse soutenue

Prédiction génétique des caractères complexes
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Auteur / Autrice : Clément Carré
Direction : Fabrice GamboaEduardo Manfredi
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Pathologie, toxicologie, génétique et nutrition
Date : Soutenance en 2014
Etablissement(s) : Toulouse 3

Résumé

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L'objectif de cette thèse est le développement des approches statistiques pour la prédiction génétique de caractères complexes. Quatre approches adaptées à différentes situations génétiques, sont développées. En situation d'additivité, un modèle linéaire qui combine les données de transmission génétique avec des marqueurs SNP se révèle utile quand les SNP ne capturent pas l'ensemble des effets génétiques influençant le caractère. En situation des effets génétiques non-linéaires, une méthode de régression à noyaux (Nadaraya-Watson) produit des prédictions plus précises que celles données par la méthode standard (BLUP). Après cette comparaison entre méthodes paramétriques et non paramétriques, il est utile de les faire coopérer entre eux : une méthode d'agrégation statistique s'est révélée efficiente et robuste pour le mélange de prédicteurs. Enfin, un algorithme original de projections aléatoires de modèles linéaires permet de retrouver rapidement les paramètres du modèle, dans le cas où celui-ci est parcimonieux.