Développements méthodologiques en spectrométrie de masse et en analyse protéomique pour la recherche de biomarqueurs de différents types de cancers

Methodological developments in mass spectrometry and proteomics for the search of biomarkers of different types of cancers

• Auteur / Autrice : Sarah Lennon
• Direction : Alain Van Dorsselaer, Sarah Cianférani-Sanglier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie analytique
• Date : Soutenance le 25/09/2014
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
• Jury : Président / Présidente : Sylviane Muller
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Hervé Chneiweiss
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Charles Pineau, Odile Schiltz

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cancer

Marqueurs biologiques

Protéomique

Spectrométrie de masse

Mots clés libres

Analyse protéomique

Biomarqueurs

Spectrométrie de masse

Chromatographie liquide

Lymphomes

Cellules souches cancéreuses de glioblatomes

Proteomics

Biomarkers

Mass spectrometry

Liquid chromatography

Lymphoma

Glioblastoma stem cells

Résumé

La protéomique clinique est, depuis ses débuts, considérée comme une technique à fort potentiel pour la recherche de biomarqueurs des cancers. Cependant, cette quête reste à ce jour sur un constat d’échec. Ces dix dernières années, la communauté protéomiste a œuvré pour comprendre l’origine des biais et pour homogénéiser les résultats. Les objectifs de mon travail de thèse s’articulent, dans ce contexte, en deux parties : - La première partie décrit l’ensemble des développements méthodologiques réalisés en analyse protéomique pour la recherche de biomarqueurs.- La seconde partie est consacrée à l’application de ces développements sur trois projets : (i) La recherche de biomarqueurs à visée diagnostique dans le but d’améliorer la caractérisation des lymphomes des cellules B. (ii) L’étude des cellules souches cancéreuses des glioblastomes. (iii) La recherche de biomarqueurs prédictifs des rechutes du système nerveux central dans le cas de lymphomes diffus à grandes cellules B.

At first, clinical proteomics received great enthusiasm for the search of biomarkers from different pathologies. However, up to date, the biomarker quest dwells on a failure. These last ten years, the proteomics community has worked to understand the origins of the bias and and to homogenize the results in order to improve the confidence in the identifications and the proposals of biomarkers. In this context my PhD thesis is divided in two parts :- The first part describes the methodological developments done in order to obtain the most complete and confident proteome of one sample.- The second part is devoted to the results obtained on three different projects: (i) Diagnostic biomarkers search in order to better characterize B cells lymphoma and particularly marginal zone lymphoma. (ii) Glioblatoma stem cell study to propose new therapeutic targets. (iii) The search for predictive biomarkers of the central nervous system in the case of diffuse large B cell lymphoma.