Usage des anti-infectieux et infections invasives à pneumocoque en France, étude d'associations temporelles

Antibiotics Exposure and Community-Acquired Pneumococcal Invasive Infections, Temporal Associations

• Auteur / Autrice : Marie-Anne Vibet
• Direction : Laurence Watier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé Publique - Epidémiologie
• Date : Soutenance le 19/12/2014
• Etablissement(s) : Paris 11
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé publique (Paris ; 2000-2015)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Université Versailles Saint-Quentin en Yvelines - Unité de Pharmaco-épidémiologie et Maladies Infectieuses (Université versailles Saint-Quentin)
• Jury : Président / Présidente : Jean Bouyer
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laurence Watier, Jean Bouyer, Catherine Huber-Carol, Pascal Astagneau, Daniel Lévy-Bruhl
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Catherine Huber-Carol, Pascal Astagneau

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séries chronologiques

Anti-infectieux

Infections à pneumocoque

Mots clés libres

Infections invasives communautaires à pneumocoque

Exposition aux anti-infectieux

Association temporelle

Séries temporelles saisonnières

Community-acquired pneumococcal invasive infections

Antibiotics exposure

Temporal association

Seasonal time series

Résumé

Le pneumocoque est une cause majeure d'infections bactériennes communautaires dans le monde. D'après la littérature, la consommation d'antibiotiques pourrait influer sur le risque de colonisation ou d'infection par pneumocoque à sensibilité diminuée aux antibiotiques spécifiques. La France, grande consommatrice d'antibiotiques, a mis en place, à l'automne 2002, un plan national pour préserver l'efficacité des antibiotiques et améliorer leur usage. Cette campagne a conduit à une diminution significative de la consommation d'antibiotiques durant les périodes hivernales. En 2003, une vaccination anti-pneumococcique des enfants de moins de deux ans a été recommandée afin de réduire les infections communautaires à pneumocoque chez l'enfant. Au vu du contexte français, il paraît important d'étudier la dynamique des infections invasives communautaires à pneumocoque en prenant en compte les deux interventions de santé publique. L'étude de l'association entre deux ou plusieurs séries temporelles saisonnières doit être effectuée sur des séries stationnarisées afin d'éliminer tout risque de confusion. Les différentes méthodes de désaisonnalisation ont été comparées à travers une étude de simulations afin d'identifier la stratégie optimale. De plus, le modèle de régression linéaire adapté aux séries temporelles repose sur l'hypothèse de la linéarité du lien. Cependant, cette hypothèse est critiquable en particulier lorsqu'on s'intéresse au lien associé à une série de type épidémique. Une deuxième étude de simulations a été réalisée afin d'étudier l'impact de l'hypothèse de la linéarité du lien lors de son estimation.A partir des stratégies permettant d'étudier le lien entre plusieurs séries saisonnières identifiées à partir des études de simulations, la dynamique des infections invasives communautaires à pneumocoque a été étudiée en France entre janvier 2002 et décembre 2009.

Streptococcus pneumoniae is a leading cause of communitary-acquired pneumococcal invasive infections worldwide. Recent surveys studied the association between pneumococcal carriage and antibiotic consumption. Reducing antibiotic consumption migth reduce pneumococcal carriage. In France, a national campaign was launched in 2002 in order to reduce antibiotic consumption mainly in the community. In 2003, the seven-valent pneumococcal conjugate vaccine was introduced and recommanded for to children in order to reduce the risk of invasive pneumococcal infections. In this contexte, it is worth investigating the evolution of communitary-acquired pneumococcal invasive infections in France.When examining the association between two monthly time series data with some common seasonal pattern, we are faced with the problem of eliminating this seasonal variation. Indeed this common seasonal feature will act as a confounder if not removed. Even if several methods exist, such as the use of semi-parametric or trigonometric functions, no optimal method has been yet identified. Hence, we compared performances of available smoothing approaches to estimate a temporal link between two series using extensive simulations. The linear regression usually used to estimate the link between two time series is based on the hypothesis of a linear link. However, such a link might not be linear when considering an association with an epidemic time series. In order to check whether this linear model can also manage non linear relationships, a simulation study was also settled. Finally, from these simulation studies, we identified strategies that where implemented to estimate the association between community-acquired pneumococcal invasive infections and antibiotic exposure.