Thèse soutenue

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Auteur / Autrice : Tristan Cragnolini
Direction : Samuela PasqualiPhilippe Derreumaux
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique, Analyse de génome et modélisation
Date : Soutenance en 2014
Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

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JContrairement aux protéines, il y a relativement peu d'études expérimentales et computationelles concernant les ARN. Ceci est sans doute amené à changer, cependant, du fait de la découverte que les molécules d'ARN remplissent une considérable diversité de rôles biologiques, incluant, en dehors des rôles dans la transcription et la translation, des fonctions enzymatiques et régulationelles. Malgré la simplicité de son alphabet de quatre lettres, les ARN peuvent adopter une grande variété de structures tertiaires, dont les ensembles conformationels dynamiques semblent essentiels pour comprendre leur fonction. Malgré des progrès expérimentaux constants, et des développements théoriques, la séparation entre séquence et structures 3D augmente, et notre connaissance de la flexibilité des ARN à une échelle atomique est toujours limitée. Dans cette thèse, je présente des améliorations au modèle HiRE-RNA, et des simulations de repliement réalisées avec celui-ci. Après une présentation des méthodes computationelles utilisées pour échantillonner les surfaces d'énergie des ARN et des méthodes expérimentales fournissant des informations sur la structure des ARN, je présente les topologies d'ARN et les données structurales utilisées pour améliorer le modèle et pour étudier le repliement d'ARN. Les améliorations d'HiRE-RNA dans la version 2 et la version 3 sont décrites, ainsi que les simulations réalisées avec chaque version du modèle.