Thèse soutenue

Les interactions bactéries-champignons dans le bois en décomposition : des propriétés physico-chimiques du bois à la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes associée à Phanerochaete chrysosporium
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Auteur / Autrice : Vincent Hervé
Direction : Pascale Frey-KlettÉric Gelhaye
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences du bois et des fibres
Date : Soutenance le 28/05/2014
Etablissement(s) : Université de Lorraine
Ecole(s) doctorale(s) : RP2E - Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions Arbres Micro-organismes (Nancy)
Jury : Président / Présidente : Philippe Gérardin
Examinateurs / Examinatrices : Alain Sarniguet
Rapporteurs / Rapporteuses : Joy E.M. Watts, Pilar Junier

Résumé

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Dans les écosystèmes forestiers, la décomposition du bois est un processus majeur, notamment impliqué dans le cycle du carbone et des nutriments. Les champignons basidiomycètes saprotrophes, incluant les pourritures blanches, sont les principaux agents de cette décomposition dans les forêts tempérées. Bien que peu étudiées, des communautés bactériennes sont également présentes dans le bois en décomposition et cohabitent avec ces communautés fongiques. L'impact des interactions bactéries-champignons sur le fonctionnement d'une niche écologique a été décrit dans de nombreux environnements. Cependant, leur rôle dans le processus de décomposition du bois n'a été que très peu investigué. A partir d'expériences en microcosme et en utilisant une approche non cultivable, il a été démontré que la présence du champignon Phanerochaete chrysosporium influençait significativement la structure et la diversité des communautés bactériennes associées au processus de décomposition du hêtre (Fagus sylvatica). Par une approche cultivable, cet effet mycosphère a été confirmé, se traduisant par une augmentation de la densité des communautés bactériennes en présence du champignon ainsi que par une modification de la diversité fonctionnelle de ces communautés. Enfin, une approche polyphasique a été développée, combinant l'analyse des propriétés physico-chimiques du bois et des activités enzymatiques extracellulaires. Les résultats de cette expérience ont révélé que l'association de P. chrysosporium avec une communauté bactérienne issue de la mycosphère de ce dernier aboutissait à une dégradation plus importante du matériau bois par rapport à la dégradation par le champignon seul, démontrant pour la première fois des interactions bactéries-champignons synergiques dans le bois en décomposition