Sulfoprotéomique : développement analytique et rôle dans les processus d'interactions protéine / protéine
Auteur / Autrice : | Julien Parra |
Direction : | Florence Gonnet, Régis Daniel |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Chimie analytique |
Date : | Soutenance le 11/09/2014 |
Etablissement(s) : | Evry-Val d'Essonne |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole doctorale des Génomes aux organismes (Versailles ; 2000-2015) |
Jury : | Président / Présidente : Jeanine Tortajada |
Rapporteurs / Rapporteuses : Virginie Redeker, Gérard Bolbach |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Le terme de sulfoprotéomique est utilisé pour désigner l’étude de la sulfatation des protéines. Bien que la sulfatation soit depuis peu considérée comme une MPT d’une importance majeure, il y a toujours peu de travaux scientifiques qui y sont consacrés en comparaison avec ce qui se fait sur la phosphorylation notamment. Ce retard s’explique notamment par la difficulté à analyser les espèces protéiques sulfatées dans les conditions classiques utilisées en protéomique, notamment par spectrométrie de masse. Ces travaux de thèse visent justement à développer des méthodes d’analyses par spectrométrie de masse dédiées à l’étude de la sulfatation des protéines, afin d’augmenter le champ des connaissances de cette MPT. Pour cela, nous avons largement utilisé le mode d’ionisation négatif, très peu, voire jamais utilisé en protéomique, avec deux techniques de fragmentation pour réaliser des spectres MS/MS, à savoir les fragmentations CID et HCD. Les résultats obtenus nous ont permis de mettre en évidence une méthode d’analyse permettant la formation d’ions spécifiques de la sulfatation et de la phosphorylation (qui sont isobariques), permettant ainsi une identification certaine de chacune des deux MPTs. Nous avons également entrepris d’étudier le rôle de la sulfatation d’un récepteur cellulaire, CXCR4, dans son interaction avec son ligand naturel, la chimiokine SDF-1/CXCL12. Cette étude a été menée par électrophorèse capillaire, et pourra constituer une base de travail solide pour des futures analyses mettant en œuvre le couplage entre l’électrophorèse capillaire et la spectrométrie de masse pour une meilleure caractérisation des complexes formés entre les partenaires protéiques.