Thèse soutenue

Modélisation du déséquilibre de liaison dans les études d’association génome entier

FR  |  
EN
Auteur / Autrice : Randall Johnson
Direction : Jean-François ZaguryCheryl Winkler
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 19/12/2014
Etablissement(s) : Paris, CNAM
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Abbé Grégoire (Paris)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Génomique, bioinformatique et applications (Paris)
Jury : Président / Présidente : George Nelson
Rapporteurs / Rapporteuses : Olivier Delaneau, Meredith Yeager

Résumé

FR  |  
EN

L’approche GWAS est un outil essentiel pour la découverte de gènes associés aux maladies, mais elle pose des problèmes de puissance statistique quand il est impossible d’échantillonner génétiquement des dizaines de milliers de sujets. Les résultats présentés ici—ALDsuite, un programme en utilisant une correction nouvelle et efficace pour le déséquilibre de liaison (DL) ancestrale de la population locale, en permettant l'utilisation de marqueurs denses dans le MALD, et la démonstration que la méthode simpleM fournit une correction optimale pour les comparaisons multiples dans le GWAS—réaffirment la valeur de l'analyse en composantes principales (APC) pour capturer l’essence de la complexité des systèmes de grande dimension. L’APC est déjà la norme pour corriger la structure de la population dans le GWAS; mes résultats indiquent qu’elle est aussi une stratégie générale pour faire face à la forte dimensionnalité des données génomiques d'association.