Thèse soutenue

Diversité génomique des bactéries pathogènes du complexe d’espèces Borrelia burgdorferi : évolution et épidémiologie moléculaire
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Auteur / Autrice : Maude Jacquot
Direction : Christian Ducrot
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Physiologie et Génétique Moléculaires
Date : Soutenance le 08/10/2014
Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 2
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des sciences de la vie, santé, agronomie, environnement (Clermont-Ferrand)
Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Institut National de la Recherche Agronomique (France). Unité de Recherche d'Epidémiologie Animale (Clermont-Ferrand, Puy-de-Dôme)
Laboratoire : INRA- UR346 Epidémiologie Animale
Jury : Président / Présidente : Frédéric Delbac
Examinateurs / Examinatrices : Christian Ducrot, Karen D. McCoy, Xavier Bailly, Virginie Ravigné
Rapporteurs / Rapporteuses : Roman Biek, Thierry Wirth

Résumé

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Les maladies infectieuses sont une des causes les plus importantes de morbidité chez l'homme et l'animal avec des conséquences à la fois économiques, sanitaires et écologiques. L'étude de la diversité des pathogènes responsables et de leurs dynamiques de circulation au sein des communautés d'hôtes et de vecteurs, peut fournir des informations importantes pour la prévention et le contrôle de ces maladies. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à l'agent pathogène responsable de la maladie de Lyme. Cette maladie est causée par les bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) transmises par les tiques lors de repas sanguins et sont capables d'infecter plusieurs espèces d'hôtes vertébrés. L'analyse de la diversité génétique de 63 souches de B. burgdorferi s.l., dont les génomes ont été séquencés, ont révélé un degré d'isolement génétique très important entre les différentes espèces du complexe. Les résultats obtenus suggèrent que les différents spectres d'hôtes des lignées de B. burgdorferi s.s. (principalement associées aux petits mammifères) et de B. garinii (normalement associées aux oiseaux) conduisent à des dynamiques de populations distinctes. De plus, grâce au séquençage haut-débit de deux marqueurs, nous avons pu démontrer qu'il existe, à une échelle intra-spécifique, des associations préférentielles des génotypes de B. burgdorferi avec différentes espèces de rongeurs. Enfin, en utilisant la diversité observée chez ces rongeurs et celle chez les tiques, nous avons estimé, via une approche de modélisation, que la contribution au risque de la maladie pour l'homme d'une espèce hôte introduite (tamia de Sibérie), pouvait être importante.