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des thèses françaises
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Taxono-génomique, une stratégie incorporant des données génomiques dans la description taxonomique des bactéries humaines
| Auteur / Autrice : | Babu roshan Padmanabhan |
| Direction : | Pierre-Edouard Fournier |
| Type : | Thèse de doctorat |
| Discipline(s) : | Pathologie humaine. Maladies infectieuses |
| Date : | Soutenance le 08/12/2014 |
| Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
| Ecole(s) doctorale(s) : | École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
| Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille) |
| Jury : | Président / Présidente : Florence Fenollar |
| Examinateurs / Examinatrices : Pierre-Edouard Fournier, Florence Fenollar, Patricia Renesto, Marie Kempf, Guillaume Blanc | |
| Rapporteur / Rapporteuse : Patricia Renesto, Marie Kempf |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Mon projet de doctorat était de créer un pipeline pour taxono-génomique pour la comparaison de plusieurs génomes bactériens. Deuxièmement, je automatisé le processus d'assemblage (NGS) et annotation à l'aide de divers logiciels open source ainsi que la création de scripts de maison pour le laboratoire. Enfin, nous avons intégré le pipeline dans la description de plusieurs espèces bactériennes de laboratoire sur. Cette thèse est divisée principalement en Taxono- génomique et Microbiogenomics. Les avis de la section taxono-génomique, décrit sur les avancées technologiques en génomique et métagénomique pertinentes dans le domaine de la microbiologie médicale et décrit la stratégie taxono-génomique en détail et comment la stratégie polyphasique avec des approches génomiques sont reformatage de la définition de la taxonomie bactérienne. Les articles décrivent les bactéries cliniquement importantes, leur séquençage complet du génome et les études génomiques comparatives, génomiques et taxono-génomique de ces bactéries. Dans cette thèse, j'ai inclus les articles décrivant ces organismes: Megasphaera massiliensis, Corynebacterium ihumii, Collinsella massiliensis, Clostridium dakarense. Bacillus dielmoensis, jeddahense, Occidentia Massiliensis, Necropsobacter rosorum et Pantoea septica. Oceanobacillus