Thèse soutenue

Taxono-génomique, une stratégie incorporant des données génomiques dans la description taxonomique des bactéries humaines
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Auteur / Autrice : Babu roshan Padmanabhan
Direction : Pierre-Edouard Fournier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
Date : Soutenance le 08/12/2014
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
Examinateurs / Examinatrices : Pierre-Edouard Fournier, Florence Fenollar, Patricia Renesto, Marie Kempf, Guillaume Blanc
Rapporteurs / Rapporteuses : Patricia Renesto, Marie Kempf

Résumé

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Mon projet de doctorat était de créer un pipeline pour taxono-génomique pour la comparaison de plusieurs génomes bactériens. Deuxièmement, je automatisé le processus d'assemblage (NGS) et annotation à l'aide de divers logiciels open source ainsi que la création de scripts de maison pour le laboratoire. Enfin, nous avons intégré le pipeline dans la description de plusieurs espèces bactériennes de laboratoire sur. Cette thèse est divisée principalement en Taxono- génomique et Microbiogenomics. Les avis de la section taxono-génomique, décrit sur les avancées technologiques en génomique et métagénomique pertinentes dans le domaine de la microbiologie médicale et décrit la stratégie taxono-génomique en détail et comment la stratégie polyphasique avec des approches génomiques sont reformatage de la définition de la taxonomie bactérienne. Les articles décrivent les bactéries cliniquement importantes, leur séquençage complet du génome et les études génomiques comparatives, génomiques et taxono-génomique de ces bactéries. Dans cette thèse, j'ai inclus les articles décrivant ces organismes: Megasphaera massiliensis, Corynebacterium ihumii, Collinsella massiliensis, Clostridium dakarense. Bacillus dielmoensis, jeddahense, Occidentia Massiliensis, Necropsobacter rosorum et Pantoea septica. Oceanobacillus