Etudes génomiques chez la poule : applications à la résistance au portage de salmonelles et la digestibilité

Genomic studies in the chicken : application to Salmonella carrier-state resistance and digestive efficiency

• Auteur / Autrice : Thanh-Son Tran
• Direction : Catherine Beaumont, Sandrine Mignon-Grasteau, Fanny Calenge
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 09/09/2013
• Etablissement(s) : Tours
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Station de recherches avicoles (Nouzilly, Indre-et-Loire)
• Jury : Président / Présidente : Christian Andres
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Edwige Quillet
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Catherine Bastien, Jean Pierre Bidanel

Mots clés

Mots clés contrôlés

Nutrigénomique

Digestion

Salmonelloses

Salmonelles

Locus à caractère quantitatif

Poulets

Mots clés libres

Poulet

Génétique

Quantitative trait loci

QTL

Résistance au portage de salmonelles

Digestibilité

EMAn

Chicken

Genetics

Quantitative trait loci

QTL

Resistance to Salmonella carrier-state

Digestibility

AMEn

Résumé

Les protocoles de détection de QTL varient selon le modèle étudié, car ils dépendent de nombreux paramètres. Cette thèse s’est intéressée à la façon d’adapter ces protocoles à travers deux exemples de recherches de QTL chez la Poule, en utilisant deux méthodes statistiques différentes : maximum de vraisemblance (MV) et régression linéaire (RL), qui ont été comparées. Dans un premier temps, des QTLs de résistance au portage de salmonelles ont été identifiés, d’effets faibles et dont les positions varient selon la méthode utilisée. Dans un deuxième temps, des QTLs de caractères de digestibilité et d’anatomie du tube digestif ont été identifiés, avec des résultats semblables avec les deux méthodes. De nombreux QTLs d’effets faibles à modérés ont été identifiés. Les résultats de cette thèse montrent que la comparaison des deux méthodes est toujours utile et car dans certaines conditions les résultats obtenus diffèrent entre les deux méthodes.

The QTL detection protocols vary depending on the model studied, because they depend on many parameters. This thesis has focused on how to adapt these protocols through two examples of QTL detection in Chicken, using two different statistical methods: maximum likelihood (ML) and linear regression (LR), which results were compared on two examples. Initially, QTLs controlling resistance to Salmonella carrier-state have been identified, of small effects and whose positions vary according to the method. In a second step, QTLs controlling digestibility and anatomy of the gastro-intestinal tract were identified with similar results for both methods. Many QTLs of small to moderate effects were identified. The results of this thesis show that the comparison of the two methods is always helpful as under certain conditions the results may vary with the method.