Épidémiologie, quantification et conséquences du portage intestinal d'entérobactéries multirésistantes

• Auteur / Autrice : Etienne Ruppé
• Direction : Antoine Andremont
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Infectiologie
• Date : Soutenance en 2013
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Résistance microbienne aux médicaments

administration et posologie

Carbapénèmes

bêta-Lactamases

Métagénome

Infections à Enterobacteriaceae

Résumé

La diffusion récente et mondiale des entérobactéries multirésistantes et notamment celles qui produisent des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) a compromis l'efficacité des antibiotiques utilisés dans les infections qu'elles causent. Le microbiote intestinal joue un rôle central dans ce phénomène en étant le réservoir des entérobactéries chez l'Homme. Pourtant, la caractérisation de ce portage reste parcellaire sur de nombreux points, ce qui empêche d'en prendre en compte ses caractéristiques pour le soin des patients. C'est pourquoi nous avons tenté dans ce travail d'enrichir les connaissances autour des différentes phases du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes (pré-colonisation, colonisation et post-colonisation). Nous nous sommes tout d'abord intéressés à la phase qui précède la colonisation en cherchant à caractériser les déterminants menant au portage d'entérobactéries productrices de BLSE. Nous avons pu observer que ces bactéries diffusaient dans des zones géographiques isolées, et que la prédiction de leur portage digestif à l'entrée à l'hôpital en France était difficile à partir des données disponibles à ce moment. En ce qui concerne la colonisation elle-même, nous avons développé un nouveau marqueur quantitatif du portage d'çntérobactéries résistantes : l'abondance relative (soit le ratio entre la densité intestinale des entérobactéries résistantes sur celle des entérobactéries totales). Nous avons étudié l'évolution de ce marqueur lors d'un traitement par lévofloxacine, un antibiotique largement utilisé dans les infections urinaires. Toujours pour mieux caractériser la colonisation elle-même, nous avons développé une méthode microbiologique de détection des entérobactéries productrices de la carbapénémase OXA-48 après sa découverte incidentelle chez une patiente ne présentant pas de facteurs de risque habituels pour le portage de telles bactéries. Enfin, nous avons étudié la phase post-colonisation (i) en établissant pour la première fois le lien entre abondance relative dans les selles des Escherichia coli producteurs de BLSE et le risque d'infection urinaire à ces bactéries, et (ii) en objectivant le transfert In vivo d'une carbapénémase KPC d'une Klebsiella pneumoniae acquise en Grèce vers une K. Pneumoniae commensale. En conclusion, nos travaux autour du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes ont montré le rôle central du microbiote intestinal et ont ouvert des perspectives innovantes et concrètes dans le contrôle de ces bactéries.

The recent widespread of multidrug-resistant enterobacteria, especially those producing extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), has jeopardized the efficacy of currently advised treatments of the infections they cause. The intestinal microbiota might play a key role in this phenomenon as being the main reservoir for enterobacteria. Still, data about intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria remain scarce for some aspects that could benefit to the patients. In the present work, we aimed to add knowledge to the different phases of the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria (pre-colonization, colonization and post-colonization). We first focused on the pre-colonization phase and studied the determinants that lead to the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria. We found that such bacteria had spread even in extremely remote places, and that at hospital admission, the prediction of their digestive carriage was poorly effective based on the clinical data available at that time. About colonization itself, we worked on the quantitative dimension of the carriage of ESBL-producing enterobacteria and introduced a new marker: the relative abundance i. E. The ratio between the intestinal densities of ESBL-producing enterobacteria and that of total enterobacteria. We observed the evolution of this marker after a short exposure to levofloxacin, a widely-prescribed fluoroquinolone. Furthermore about thé colonization phase, we developed a microbiological method to recover enterobacteria producing the OXA-48 carbapénémase, subsequently to its incidental detection in a patient with no obvious risk factors for carriage of such bacteria. Eventually, we studied the post-colonization phase (i) in establishing for the first time the link between the relative abundance of ESBL-producing enterobacteria and their occurrence in urinary-tract infections in women, and (ii) in observing the in vivo transfer of the KPC carbapenemase from a Greece-acquired strain of Klebsiella pneumoniae to a commensal K. Pneumoniae. In conclusion, our results highlighted the central role played by the intestinal microbiota and opened new, concrete perspectives of the management of multidrug-resistant enterobacteria.