Essais de génétique inverse pour l’obtention de rotavirus recombinants et étude des interactions entre rotavirus et autophagie

Reverse genetic tests for obtaining recombinant rotavirus and study of interactions between rotavirus and autophagy

• Auteur / Autrice : Sarah Duponchel
• Direction : Antoine Garbarg-Chenon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Virologie. Biologie Cellulaire
• Date : Soutenance en 2013
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génétique

Autophagocytose

Rotavirus

Résumé

Les rotavirus (RV), principaux agents des gastro-entérites aiguës infantiles, ont un génome composé de 11 segments d’ARN double brin et une réplication exclusivement cytoplasmique. Un des mécanismes de variabilité génétique des RV est le réarrangement génomique, une recombinaison intra-moléculaire aboutissant à une duplication partielle de la séquence. Dans la première partie de ce travail, nous avons montré que les segments réarrangés des RV étaient encapsidés préférentiellement dans la descendance virale. Nous avons ensuite tenté de généraliser le système de génétique inverse, basé sur cette propriété d’encapsidation et mis au point pour le segment 7 réarrangé par notre équipe. Dans les essais réalisés avec les segments 5 et 11, l’apparition de réarrangements spontanés de l’exogène ou des segments sauvages se révèle être l’élément limitant à la généralisation du système. Dans la seconde partie de ce travail, nous avons initié une étude systématique des effets de l’infection par le RV sur le processus autophagique dans différentes lignées cellulaires. L’infection par le RV entraine une modulation de l’autophagie qui semble être bloquée aux temps tardifs de l’infection, bien qu’aucune co-localisation entre les protéines virales et le marqueur de l’autophagie, LC3, n’ait pu être détectée. De plus, l’induction de l’autophagie ne favorise pas la production virale. Le rôle de l’autophagie au cours de l’infection par le RV reste à définir (dépendant, effet secondaire, indépendant). Ces travaux sur les différentes lignées cellulaires et l’observation de l’autophagie au cours de cinétiques d’infection apportent des résultats originaux par rapport aux données de la littérature.

Rotaviruses (RV) are a major cause of acute infantile viral gastroenteritis. The RV genome is composed of eleven double-stranded RNA segments and the viral replication exclusively takes place in the cytoplasm. One of the mechanisms of genetic variability of RV is the genomic rearrangement, an intramolecular recombination resulting, in most case, in a partial head-to-tail duplication of the gene. The development of this thesis is twofold. First, we have demonstrated that rearranged segments of RV are preferentially packaged into viral progeny. There have also been attempts at generalizing the reverse genetic system based on this encapsidation characteristic and developed by our lab for segment rearranged 7. During the test carried out with the rearranged segment 5 and 11, the appearance of spontaneous rearrangement of the exogenous or of the wild type segments proves to be the limiting element in the generalization of our system. Second, we initiated a systematic study of the effects of RV infection on the process of autophagy in different cell lines. RV infection led to a modulation of autophagy, which seems to be blocked at late time of infection, even though no co-localization has been observed between viral proteins and the autophagic marker LC3. Furthermore, the induction if autophagy has not increase RV production. The role of autophagy during RV infection is still to be defined (dependent, side effect, independent). This work on different cell lines and carried out during infection kinetics has provided worth-analyzing results compared with data from the literature.