Thèse soutenue

Modélisation mathématique et estimation statistiques de l’épidémicité des bactéries résistantes aux antibiotiques

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Auteur / Autrice : Matthieu Domenech de Celles
Direction : Didier Guillemot
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biostatistiques. Biomathématiques
Date : Soutenance en 2013
Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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L’objectif de cette thèse est d’appliquer des outils de modélisation mathématique et d’estimation statistique afin d’étudier la capacité de transmission (épidémicité) des bactéries résistantes aux antibiotiques. L’épidémicité est déterminante dans la compréhension de la diffusion des bactéries résistantes en population. Néanmoins, cette quantité est difficile à mesurer de manière directe, de sorte que des modèles mathématiques de transmission ajustés à des données épidémiologiques sont requis. Dans cette thèse, les questions suivantes sont étudiées: existe-t-il une hétérogénéité dans l’épidémicité de différents sous-types d’une même espèce bactérienne ? Comment l’acquisition de la résistance aux antibiotiques affecte-t-elle l’épidémicité du pneumocoque ? Quelles sont les conséquences de l’épidémicité sur l’efficacité des mesures de contrôle en milieu hospitalier ou en communauté? Ces questions sont examinées à l'aide de modèles mathématiques, ajustés à des données épidémiologiques via des méthodes d’inférence statistique spécifiques aux modèles dynamiques. En milieu hospitalier, les travaux mettent en évidence des différences d’épidémicité dans les lignées génétiques d’Acinetobacter baumannii; ils démontrent également des limites dans l’efficacité des mesures d’isolement patient pour le contrôle des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu. En communauté, les travaux indiquent des différences d’épidémicité entre les sérotypes du pneumocoque; ils appuient également l’existence d’un coût de fitness associé à l’acquisition de la résistance à la pénicilline. Ces résultats apportent de nouvelles connaissances en vue d'évaluer et d'anticiper l'effet de mesures de contrôle.