Recherche de gènes régulés par Crown Root Less 1, un facteur de transcription contrôlant le développement des racines adventives chez le riz.

Functional determination of the gene regulatory network including Crown Root Less 1/ARL1, a gene encoding an AS2/LOB protein necessary for adventitious root development in rice

• Auteur / Autrice : Thi Van Anh Le
• Direction : Pascal Gantet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie intégrative des plantes
• Date : Soutenance le 28/10/2013
• Etablissement(s) : Montpellier 2
• Ecole(s) doctorale(s) : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2015)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2015)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pascal Gantet, Véronique Gruber, Daniel Prat, Christian Jay-Allemand, Emmanuel Guiderdoni, Christiane Marque
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Véronique Gruber, Daniel Prat

Mots clés

Mots clés contrôlés

Racines (botanique)

Facteurs généraux de transcription

Biologie du développement

Auxines

Plantes -- Développement

Riz

Mots clés libres

Riz

Développement

Racine

Réseau de régulation

Facteur de transcription

Crl1

Rice

Development

Root

Regulatory network

Transcription factor

Crl1

Résumé

Afin de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans l'initiation des racines coronaires chez le riz nous avons recherché des gènes régulés par le facteur de transcription CROWN ROOTLESS 1 (CRL1) qui contrôle leur initiation en réponse à l'auxine. Différentes approches de transcriptome ont été mises en œuvre. La première a consistée à rechercher les gènes différenciellement exprimés dans les bases de tige du mutant crl1 par rapport au sauvage. La seconde a consisté à rechercher des gènes régulés par l'auxine de manière CRL1-dépendant. La troisième a consisté à rechercher des gènes dont l'expression est induite dans les bases de tige du mutant crl1 après expression conditionnelle ectopique du gène CRL1. Parmi les gènes identifiés des expériences de qRT-PCR nous ont permis de valider 11 gènes comme étant induit par l'auxine de manière CRL1 dépendant et des expérience d'hybridation in situ, 10 gènes qui s'expriment de manière spécifique dans les primordium de racine coronaires. La majorité de ces gènes codent pour des facteurs de transcription et des éléments de transduction de signaux. Certains sont des modulateurs de la stucture de la chromatine d'autre des transporteurs d'auxine. Ces résultats éclairent sur les cibles régulées par le facteur de transcription CRL1 et apportent des éléments nouveaux sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l'initiation des racines coronaires chez le riz.

In order to understand better the mechanisms involved in crown root initiation in rice we researched the genes regulated by the CROW ROOT LESS 1 (CRL1) transcription factor that controls their initiation in response to auxin. Several transcript profiling approaches have been used. The first was to look for the genes differentially expressed in crl1 stem bases relatively to the wild type. The second one was to research genes that are CRL1-dependant auxin responsive. The last one consisted to research genes that are up-regulated in crl1 stem bases just after the inducible ectopic expression of CRL1. Among identified genes RT-qPCR experiments allowed to validate 11 CRL1-dependant auxin responsive genes and in situ hybridization experiments ten genes that are specifically expressed in crown root primordia. Most of these genes encodes transcription factors or components of transduction signal patways. Some of them encode chromating modulling factors or auxin transporters. These results give new knowledge about the gene regulatory network acting down-stream CRL1 and about the molecular mechanisms involved in crown root initiation in rice.